Bonjour tout le monde,
Ces derniers jours nous avons rencontré un problème avec 1 des outils FROGS sur notre instance Galaxy (bioinfo genotoul).
Lors de l'installation aucune erreur, et effectivement dans la liste des environnements conda, je retrouve bien l'ensemble des dépendances indiquées dans les requirements des wrappers de FROGS.
Pour autant pour l'outil FROGS Tree, les dépendances ne sont pas installées dans une environnement "mulled" mais individuellement. Autre comportement qui nous paraît étrange, lors du lancement de l'outils l'ensemble des dépendances sont réinstallées dans le job_working directory, ce qui rend le lancement de l'outil très long. J'imagine que c'est une conséquence du fait qu'il n'y ait pas d'environnement "mulled" dédié.
Sauriez vous s'il est possible de forcer la création de cet environnement ?
Via le menu "Manage dependencies" on a désinstallé, réinstallé les dépendances dédiées, mais rien n'y fait. Elles sont installées indépendamment les unes des autres et toujours pas de "mulled".
à noter qu'en local, si je lance un planemo test, j'ai bien un environnement mulled qui se créé, donc ce n'est a priori pas du au wrapper...
Bonne journée et merci pour vos idées.
Maria
