Bonjour,
Je lance actuellement des jobs sbatch en array. La plupart du temps j'ai un grand nombre de "core files" qui sont générés (ex: "core.129172") et pourtant mes jobs se terminent sans erreur.
Quelle est la raison de la génération de ces fichiers ? Est-ce que cela peut avoir un impact sur les sorties ?
D'avance merci,
Ulysse
Bonjour Ulysse 
C'est de l'atomic blast ?
Tu n'as rien dans tes sorties d'erreur ? As-tu un numéro de job à l'array près à nous communiquer ?
Bonjour Gildas,
Effectivement, ce sont des atomicblast.
Voici un exemple de job: 7100555. Pour ce qui est de l'array près, en me basant sur l'extension des core files je dirais par exemple: 195541.
Effectivement il y a des erreurs de ce type dans le fichier de log:
terminate called after throwing an instance of 'std::__ios_failure'
what(): basic_ios::clear: iostream error
srun: error: cpu-node-27: task 0: Aborted (core dumped)
Bonne journée,
Ulysse
ping @team.ifbcorecluster
D'après une rapide recherche, cela semble une erreur C++.
Slurm semble être écrit en C et Blast en C++
Est-ce qu'on peut en déduire que c'est plus lié au process Blast ?
Après, notons que nous avons plutôt des problèmes de stockage sur l'IFB, io ... est-ce lié ?
En effet je pense que c'est lié au problème du stockage (I/O error).
Pour s'en assurer, il faudrait relancer les jobs (tant que le stockage est stable).