Bonjour,
J'ai réalisé le wrapping de l'outil Groot, les tests en local passent avec planemo, ils sont passés lors de la PR sur le repo IUC, mais l'outil part en erreur une fois sur galaxy fr : Galaxy | France (j'ai utilisé le même jeu de données et les mêmes paramètres entre le test planemo et galaxy fr)
Auriez vous plus d'informations de votre côté sur le problème lié à cet outil ?
Une piste que je peux vous donner est que l'enchaînement de certaines commandes semble être inversé :
+ ln -s -f /shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/a/b/4/dataset_ab41a3ba-8738-48a1-8d3c-94a7c30748d5.dat input.fastq
+ groot index --msaDir /shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/groot_database/arg-annot.90 --indexDir grootIndex --windowSize 150 --kmerSize 31 --maxK 20 --maxSketchSpan 30 --numPart 8 --sketchSize 20
+ groot report --covCutoff 0.97
+ groot align --fastq input.fastq --indexDir grootIndex --contThresh 0.99 --minKmerCov 1 --noAlign --processors 1
Alors qu'il est construit pour avoir align avant report, exemple sur les tests en local :
+ ln -s -f /tmp/tmpe6daz5y_/files/9/b/6/dataset_9b67589e-d8b0-4a12-a226-3845ec3dcf65.dat input.fastq
+ groot index --msaDir /home/hugo/Bureau/ABRomics/tools/Galaxy_planemo/tools-iuc/tools/groot/test-data/resfinder.90 --indexDir grootIndex --windowSize 150 --kmerSize 31 --maxK 20 --maxSketchSpan 30 --numPart 8 --sketchSize 20
+ groot align --fastq input.fastq --indexDir grootIndex --contThresh 0.99 --minKmerCov 1 --processors 1
+ groot report --covCutoff 0.97
Je ne sais pas si ça peut venir de ça mais c'est la seule information que j'ai avec les jobs sur galaxy fr.