Groot ne fonctionne pas sur Galaxy fr

Galaxy
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Bonjour,
J'ai réalisé le wrapping de l'outil Groot, les tests en local passent avec planemo, ils sont passés lors de la PR sur le repo IUC, mais l'outil part en erreur une fois sur galaxy fr : Galaxy | France (j'ai utilisé le même jeu de données et les mêmes paramètres entre le test planemo et galaxy fr)
Auriez vous plus d'informations de votre côté sur le problème lié à cet outil ?

Une piste que je peux vous donner est que l'enchaînement de certaines commandes semble être inversé :

+ ln -s -f /shared/ifbstor1/galaxy/datasets2/a/b/4/dataset_ab41a3ba-8738-48a1-8d3c-94a7c30748d5.dat input.fastq
+ groot index --msaDir /shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/groot_database/arg-annot.90 --indexDir grootIndex --windowSize 150 --kmerSize 31 --maxK 20 --maxSketchSpan 30 --numPart 8 --sketchSize 20
+ groot report --covCutoff 0.97
+ groot align --fastq input.fastq --indexDir grootIndex --contThresh 0.99 --minKmerCov 1 --noAlign --processors 1

Alors qu'il est construit pour avoir align avant report, exemple sur les tests en local :

+ ln -s -f /tmp/tmpe6daz5y_/files/9/b/6/dataset_9b67589e-d8b0-4a12-a226-3845ec3dcf65.dat input.fastq
+ groot index --msaDir /home/hugo/Bureau/ABRomics/tools/Galaxy_planemo/tools-iuc/tools/groot/test-data/resfinder.90 --indexDir grootIndex --windowSize 150 --kmerSize 31 --maxK 20 --maxSketchSpan 30 --numPart 8 --sketchSize 20
+ groot align --fastq input.fastq --indexDir grootIndex --contThresh 0.99 --minKmerCov 1 --processors 1
+ groot report --covCutoff 0.97

Je ne sais pas si ça peut venir de ça mais c'est la seule information que j'ai avec les jobs sur galaxy fr.

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Bonjour @hugo-lefeuvre

Je regarde le problème.
Je ne pense pas que ce soit lié à l'ordre des commandes, elles sont soumises dans le bon ordre par galaxy. le Tool Standard Error est juste une sortie, il ne les influence pas

Thomas

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Bonjour, avez vous pu vous pencher sur le problème ?
Merci,
Hugo

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Bonjour,

J'observe qu'il considère bien les arguments depuis le formulaire. Pourtant dans le wrapper de l'outil pour la ligne de commande générale, vous n'utilisez pas le tag 'name'. Alors, il se peut que je me trompe, il ne s'agit pas vraiment de mon domaine spécifique, mais ce tag est pour moi l'occasion de récupérer les arguments du formulaire ?
Ce peut être une piste car elles sont définies par la balise test pour l'environnement planemo.

N'hésitez pas à me relancer, je peux essayer de vous accompagner,

Eva / the UseGalaxy.fr Team

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Bonjour,
Je ne suis pas sur d'avoir bien compris votre réponse, vous parlez du tag 'name' dans les balises param ?
Si vous parlez de cela je n'utilise pas le tag 'name' dans le wrapper mais le tag 'argument' lorsque c'est possible, le tag 'name' est ensuite automatiquement déduit.
Par exemple pour l'argument : --windowSize $windowSize je peux mettre uniquement <param argument="--windowSize"... et planemo va automatiquement déterminer le tag 'name' comme étant $windowSize en enlevant les '--' d'argument.
Si vous ne parliez pas de ça je veux bien que vous m'expliquiez plus précisement.
Hugo

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Ha oui pardon je me suis mal exprimée. Oui voilà, c'est pratique alors!
J'étudie de plus prêt, désolé

Eva

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Bonjour,

Je m'excuse pour toutes mes tentatives de réponse. J'ai enfin ciblé la paramètre problématique,

il y a --noAlign qui s'ajoute par défault pour la commande groot align et qui pose problème pour générer le fichier tabular

Bonne journée à vous,

Eva

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Bonjour,
Tout à fait c'est une erreur de ma part j'ai mal wrapper ce paramètre. Je rectifie cela.
Merci et bonne journée à vous,
Hugo