Bonjour,
Même si je sélectionne certains adduits dans HMDB search, la recherche est faite avec tous les adduits : y a-t-il un bug ou quelque chose que je ne coche pas correctement?
J'apporte juste une précision : lorsque je sélectionne 1 seule possibilité d'adduits, cela fonctionne bien, mais si j'en sélectionne 2 ou plus, toute la liste d'adduits est prise en compte dans la recherche.
Bonjour,
Merci de ce signalement, nous allons investiguer et voir si ce beug peut être corrigé de notre côté ou si nous devons contacter les collègues d'HMDB.
Bonne journée
Yann
ping @fgiacomoni
Merci pour cette remontée. J'ai corrigé en effet le souci sur l'outil. J'ai poussé une nouvelle version sur le Toolshed ce jour (V1.7.3). Je vous remets un message dès que cette version est dispo sur W4M. Bonne semaine.
Bonjour @tchaussepied @abretaud ,
L'outil a été mis sur usegalaxy.fr, mais Il y a une erreur conda avec la nouvelle version de l'outil toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/fgiacomoni/hmdb_ms_search/wsdl_hmdb/1.7.3.
Can't locate URI/Encode.pm in @INC (you may need to install the URI::Encode module) (@INC
Pourriez-vous investiguer? ou guider @jsaintvanne pour qu'il puisse résoudre ce point?
Merci d'avance pour votre aide
Yann
Bonjour @yguitton,
Je viens de regarder l'environnement qui a l'air bon.
Peut être que vous l'avez testé pendant qu'il était en train de s'installer ?
vous pouvez tester et me redire si l'erreur est toujours là ?
Thomas
Bonjour @tchaussepied
Désolé mais malheureusement l'erreur est toujours là..
J'espère que vous trouverez une piste
Yann
Bonjour @yguitton,
Je viens de réinstaller l'env conda manuellement.
Est ce que tu peux me dire si ça a suffit ?
Thomas
Bonjour @tchaussepied
Désolé ça ne fonctionne pas (la version 1.7.3 semble poser soucis). Dois-je attendre encore un peu que l'environnement se finalise?
Sinon, @fgiacomoni une idée?
il y a toujours cette erreur "URI/encode"
Yann
L'environnement était installé,
et justement je l'ai fait étape par étape. 
Est ce que vous êtes sûr que la nouvelle version de l'outil est toujours compatible avec l'ancien environnement ?
Thomas
Hello, je viens de jetter un coup d'oeil et l'envt conda est incomplet because of me (manque un requirement avec URI::Encode). Et là ! Ma journée en enfer commence... depot d'une nouvelle recipe sur conda-forge... rendez vous dans 6 mois peut etre... (délai pris par ma dernière recipe...)
Hello @tchaussepied
- pourrais tu installer la nouvelle version du tool (1.7.4) dispo sur le main TS.
- supprimer l'ancienne sur usegalaxy.fr (1.7.3)
l'envt conda devrait etre ok ensuite - PR accepté ce jour sur conda-forge (special thanks to Bjorn G.)
Les tests fonctionnels sont ératiques car le serveur HMDB (Canada) est up/down ce soir...mais sont passés une fois.
Merci par avance,
V1.7.4 installée !! Merci
Bonjour,
J'ai désormais ce message d'erreur : "Conda dependency seemingly installed but failed to build job environment."
@tchaussepied Toujours un souci de conda semble-t-il, une idée pour corriger?
(@fgiacomoni si tu as une idée?)
Merci d'avance
Bonjour, toujours le même problème avec Conda pour ma part...
"Conda dependency seemingly installed but failed to build job environment."
Bonjour @team.galaxy , Bonjour @fgiacomoni
Je reviens vers vous pour ce problème de HMDB,
Merci
Yann
Merci pour le suivi - de mon côté le tool est correct et s'installe bien sur notre instance privé avec ses dep conda... comprends pas trop ce qui ce passe (ou se passe mal) côté usegalaxy...