Bonjour,
Nos workflows de routine XCMS ne fonctionnent plus
Nous ne pouvons plus rendre de résultats sur la plateforme MTH-ile de France, tous les utilisateurs de notre laboratoire rencontrent le même problème.
Des la premiere brique MSnbase readMSData certains fichiers mzXML ne sont pas reconnu (vus comme vides) et si par miracle cette brique passe, c'est la suivante xcms findChromPeaks (xcmsSet) qui indique que certains fichiers sont vides (pas les mêmes)
j'ai relancé un XCMS à partir des mêmes fichiers en input d'une étude qui avait fonctionnée, ce n'est donc pas la nature des fichiers en entrée.
De plus les fichiers vus comme vides le sont de façon aléatoire.
Nous sommes bloqués, et nous comptons sur vous pour nous sortir de ce mauvais pas
J'ai partagé mon historique in published histories, vous verrez que le workflow était allé au bout il y a quelques mois (de 483 à 1718)
j'ai relancé avec exactement le meme wokflow aujourd'hui : 1719-2950 --> fatal error
j'ai relancé ensuite en faisant la mise à jour de toutes les versions de toutes les briques de mon workflow : 2951-3941--> fatal error
Merci par avance pour votre aide
Florence
Bonjour Florence,
Je regarde ça.
N'hésites pas à dépublier ton historique.
Note que pour plus de confidentialité, tu ne peux partager qu'avec un utilisateur ciblé.
J'ajoute une information à mon ticket :
Parmi les 241 rdata.msnbase.raw datasets de ma liste, certains datasets apparaissent en vert alors qu'en réalité il sont à 0 bytes et que l'erreur suivante est indiquée dans les informations associées :
Fatal error: cannot create 'R_TempDir' cat: log.txt: No such file or directory
(Par exemple dans la dataset collection 2951 du dataset 82 de l'historique que j'ai partagé)
Ce même dataset 82 est bien détecté avec 99,7KB lors du premier processing de cette même liste il y a quelques mois
merci par avance pour votre aide
bonne journée
florence
Merci Gildas !
si je veux le partager qu'avec toi comment je fais ?
merci encore
Bonjour,
Les erreurs au niveau xcms findChromPeaks sont dû à des fichiers vides générés par MSnbase readMSData qui a en effet rencontré ce problème de Fatal error: cannot create 'R_TempDir' cat: log.txt: No such file or directory
Normalement, c'est rentré dans l'ordre 
Nous n'avions pas repéré que certains de nos nodes de calcul étaient full au niveau de leurs /tmp
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MERCI 1000 fois Gildas !
je vais relancer
Bon weekend
Bonjour Gildas,
On a un ralentissement extrême du temps passé par l'infra à réaliser un XCMS
j'en ai lancé un il y 4 jours et il reste bloqué à la première étape
Je peux te partager l'historique si besoin
merci par avance pour ton aide
florence
Bonjour, effectivement, vendredi dernier il y a encore eu quelques soucis. Gildas a fait le nécessaire. J'ai relancé mes historiques hier et cela a fonctionné sans soucis. Essayez de relancer vos historiques pour voir.
Cordialement
Céline