Bonjour,
J'ai essayé l'indexation du génome de souris le plus récent, avec les fichiers sur le serveur de l'IFB (Mus_musc...) en direct (/shared/bank/shared/bank/mus_musculus/GRCm39) ou après avoir copié les fichiers dans mon répertoire ... ou en faisant wget et l'adresse indiquée dans le README (GCF_ ...associé au répertoire. Voilà le résultat de la commande :
STAR --runMode genomeGenerate --genomeDir genome_index --genomeFastaFiles GCF_000001635.27_GRCm39_genomic.fna --sjdbGTFfile GCF_000001635.27_GRCm39_genomic.gtf --sjdbOverhang 100 --genomeSAindexNbases 10
STAR version: 2.7.10b compiled: 2022-11-01T09:53:26-04:00 :/home/dobin/data/STAR/STARcode/STAR.master/source
Sep 19 10:43:17 ..... started STAR run
Sep 19 10:43:17 ... starting to generate Genome files
Sep 19 10:44:02 ..... processing annotations GTF
Sep 19 10:44:33 ... starting to sort Suffix Array. This may take a long time...
Sep 19 10:44:50 ... sorting Suffix Array chunks and saving them to disk...
Killed
Où peut-il y avoir une erreur ?
Merci d'avance pour votre aide