Bonjour la Team,
Je souhaiterais utiliser un package nommé TOBIAS, qui permet de faire du footprinting de facteurs de transcription à partir de données d'ATACseq.
Il s'agit d'un package disponible sur le channel bioconda.
Vous serait-il possible de l'installer sur le cluster?
Merci par avance pour votre aide et belle journée à vous,
Tony
Bonjour
Il est possible d'installer des packages disponibles sur bioconda localement.
Voici les étapes (les mots encadrés par <> sont des variables à remplacer):
module load conda
conda create --prefix <chemin_vers_votre_projet>/<nom_de_l'environnement>
conda activate <chemin_vers_votre_projet>/<nom_de_l'environnement>
conda install bioconda::tobias (ou mamba pour la vitesse)
En espérant que cela vous apporte une solution.
Cordialement,
RAYNAL Julien
Bonjour @tsourisseau , TOBIAS est installé en tant que module sur le cluster: module load tobias/0.16.1
Super!
Merci à tous les deux pour votre aide.
Belle journée à vous,
Tony