Installation assembleur SPADES

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
1

Bonjour

je souhaiterais utiliser le programme SPADES sur le cluster, serait-il possible qu'un des gentils administrateurs veuille bien s'occuper de l'installer ?

Sur le site des auteurs du soft, il est indiqué (http://cab.spbu.ru/files/release3.13.1/manual.html#sec2):

2.1 Downloading SPAdes Linux binaries

To download SPAdes Linux binaries and extract them, go to the directory in which you wish SPAdes to be installed and run:

    wget http://cab.spbu.ru/files/release3.13.1/SPAdes-3.13.1-Linux.tar.gz
    tar -xzf SPAdes-3.13.1-Linux.tar.gz
    cd SPAdes-3.13.1-Linux/bin/

SPAdes is ready to use and no further installation steps are required. We also suggest adding SPAdes installation directory to the PATH variable.

Merci d'avance
Guillaume

3

Bonjour @Guillaume,

Pour des raisons de maintenabilité et de reproductibilité, nous privilégions l'installation via des packages conda (que nous "emballons" ensuite dans du module.

Bref:

module load spades/3.13.1

Bonne continuation

4

Super merci beaucoup