Installation Bedtools

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Dans le cadre de ma recherche j'aurai besoin d'utiliser le logiciel Bedtools sur le cluster. Ce logiciel permet d'utiliser une collection d'algorithmes et d'opérations simples sur des fichiers tels que BAM, BED, GFF/GTF, VCF etc...
https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html
C'est un logiciel très utile en génomique, je pense que je ne serai pas le seul à en avoir besoin un jour ou l'autre ! Peut être est-il déjà installé, je l'ai cherché à différent endroits du cluster et j'ai essayé de l'installer sans succès.

Si il ne l'est pas déjà, serait-il possible de l'installer ?

Raphaël Romero

PS: je suis tout nouveau par ici et je n'ai pas réussi à m'identifier sur cette page avec le même compte que sur le cluster, si il fallait le même compte, j'en suis désolé.

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Bonjour Raphaël,

bedtools est d'ores et déjà disponible sur le cluster (en version 2.26.0 ou 2.27.1).
Dites-nous si vous avez besoin d'une version plus récente.

Pour utiliser les logiciels sur le cluster, vous pouvez passer par les commandes module: https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/quick-start/#software

$ module load bedtools/2.27.1
$ bedtools --version
bedtools v2.27.1

N'hésitez-pas à parcourir la documentation ou à nous questionner si besoin.

Bonne journée

PS: Les comptes cluster sont différents de ce site web (pour laisser la possibilité de participer sans compte cluster).

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En effet je ne savais pas comment faire, désolé pour le dérangement, merci beaucoup pour cette réponse !

Bonne journée à vous aussi