Installation BiocManager::DEP

IFB Core Cluster
1

Bonjour. J'ai un problème avec l'installation d'une librairie sur Rstudio. J'essaie d'installer BiocManager::DEP mais il y aurait un soucis de dépendance ou de droit d'écriture. Je ne sais pas trop. Pouvez_vous m'aider svp ?

Voici l'erreur renvoyée par Rstudio:

ERROR: failed to lock directory ‘/shared/ifbstor1/home/cdejos/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/4.0’ for modifying
Try removing ‘/shared/ifbstor1/home/cdejos/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/4.0/00LOCK-mzR’
ERROR: dependency ‘mzR’ is not available for package ‘MSnbase’

  • removing ‘/shared/ifbstor1/home/cdejos/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/4.0/MSnbase’
    ERROR: dependency ‘MSnbase’ is not available for package ‘DEP’
  • removing ‘/shared/ifbstor1/home/cdejos/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/4.0/DEP’

The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp7BBgO7/downloaded_packages’
Installation path not writeable, unable to update packages: AnnotationHub, ape, batchelor, batchtools, bayestestR, BiocGenerics, BiocManager, biomaRt, bitops,
bookdown, boot, brio, broom, BUSpaRse, callr, caTools, ChIPseeker, circlize, class, cli, clue, cluster, clusterProfiler, colorspace, corrgram, cpp11, curl,
dartR, dbplyr, debrowser, deldir, derfinder, derfinderHelper, DESeq2, devtools, DiffBind, diffobj, DMRcate, dorothea, dplyr, dqrng, DropletUtils, DT,
dyndimred, dynparam, dynutils, e1071, edgeR, effectsize, ellipsis, enrichplot, ensembldb, entropy, ExperimentHub, FactoMineR, findpython, foreign, formatR,
formattable, furrr, future.apply, GA, gap, gdsfmt, gdtools, genefilter, genetics, GenomeInfoDb, GenomicFeatures, gert, GetoptLong, GGally, ggforce, ggraph,
ggsignif, ggthemes, gh, git2r, glmnet, GSEABase, Gviz, HardyWeinberg, haven, heatmaply, hexbin, highr, Hmisc, httpuv, insight, ipred, IRdisplay, iSEE,
kableExtra, KernSmooth, knitr, later, lattice, lava, leiden, lgr, liger, lubridate, maftools, manhattanly, maptools, MASS, Matrix, MatrixModels, mgcv, mice,
mixKernel, mixOmics, MOFA, MultiDataSet, nlme, nnet, openssl, packrat, pals, parallelly, parameters, parsedate, parsnip, patchwork, pathview, pbdZMQ,
pbkrtest, pcaPP, pegas, performance, phangorn, pillar, pixmap, pkgload, plotrix, pracma, preprocessCore, prettydoc, pROC, processx, proxy, psych, psycho,
qqman, quantreg, raster, rbibutils, RcppArmadillo, RcppParallel, Rdpack, recipes, recount, remotes, renv, repr, reprex, reticulate, rgdal, rgl, rhdf5filters,
rio, riverplot, rJava, rlang, rmarkdown, Rmpfr, robustbase, rsample, RSQLite, rstatix, rsvd, rsvg, rvest, scatterpie, scran, sctransform, segmented, Seurat,
sf, shadowtext, shiny, shinydashboardPlus, shinytest, shinythemes, shinyWidgets, Signac, SingleR, slider, SparseM, spatstat, spatstat.data, spatstat.utils,
spdep, speedglm, SQUAREM, StAMPP, survival, svglite, swfscMisc, systemfonts, systemPipeR, tibble, tictoc, tidyselect, tidyverse, tinytex, tweenr, units,
usethis, V8, vctrs, VGAM, VIM, vioplot, viridis, viridisLite, webdriver, WGCNA, withr, xfun, xgboost, XML, yardstick, zoo
Warning messages:
1: In install.packages(...) :
installation of package ‘mzR’ had non-zero exit status
2: In install.packages(...) :
installation of package ‘MSnbase’ had non-zero exit status
3: In install.packages(...) :
installation of package ‘DEP’ had non-zero exit status

DEP_error
DEP_error1366×768 134 KB

2

Bonjour @camille_dej ,

J'ai testé l'installation sur le serveur RStudio du cluster et je n'ai pas rencontré de problème.

Voici les commandes que j'ai exécutées:

BiocManager::install("DEP")
library("DEP")
help(package="DEP")

Tout a l'air de fonctionner. J'ai constaté que tu fais référence à BiocManager::DEP, qui ne correspond apparemment ni à une librairie ni à une fonction. As-tu bien lancé l'installation du package DEP via la fonction BiocManager::install() selon la syntaxe ci-dessus ?

Si c'est le cas il est possible que le problème provienne de ton dossier d'installation des librairies R (ce que suggère le message d'erreur), mais avant de pousser plus loin je préférerais vérifier la commande que tu as exécutée et qui a provoqué l'erreur. Pourrais-tu vérifier ?

Jacques

3

J'ai d'abord essayé dans un chunk R:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DEP")

library("DEP")

(d'après le tuto Introduction to DEP)

Le message d'erreur obtenu: Error in library("DEP") : there is no package called ‘DEP’

Ensuite j'ai essayé dans la console R:
BiocManager::install("DEP")

Et j'ai l'erreur rapportée dans le premier post.

4

Finalement après avoir installé mzR et MSnbase, j'ai pu installer DEP ! Je n'ai pas vraiment compris quel était le problème.

5

C'est curieux, car en principe BiocManager installe les dépendances.

Si le problème se reproduit pour d'autres usagers cela vaudra la peine d'approfondir, mais dans l'immédiat je suppose qu'on peut considérer que le problème est résolu ?

6

Bonjour,

En faite pour pouvoir installer des packages sur votre compte, R a besoin d'une variable qui defini le chemin d'installation.

Le souci c'est que cette variable n'est demandé que quand on installe un package depuis le cran. Mais pas quand on installe un package depuis bionconductor ou github (Du coup il essaye d'installer dans le repertoire systeme).
Une fois qu'il l'a demandé une fois, il l'utilise par defaut.

Du coup l'astuce c'est souvent d'installer d'abord un package du cran, et ensuite normalement les autres packages fonctionne aussi.

(On voit bien dans le screenshot qu'il essaye de mettre un lock sur le repertoire du serveur et non sur le repertoire utilisateur)

7

voir par exemple le meme souci ici: Impossible d'installer phyloseq.extended depuis mise à jour Rstudio - #6 par Francois