Bonjour à tous,
De nouveau impossible d'installer le package phyloseq.extended sur Rstudio en version 4.
Voici le lien : remotes::install_github("mahendra-mariadassou/phyloseq-extended", ref = "dev")
Pourriez vous me donner un coup de main ? C'est assez urgent.
Le problème semble être autour de la maj de RHDF5... que Rstudio n'arrive pas a updater...
Merci !
Mathias
Bonjour à tous,
Toujours pas de nouvelles de ce coté là.... je suis vraiment bloqué dans mes analyses au tout début pour la transformation de mes data. Serait-il possible que quelqu'un se penche dessus ?
Merci d'avance,
Mathias
Up !!
Bonjour à tous,
Toujours pas de nouvelles de votre coté ?
Je suis toujours bloqué.
Merci,
Mathias
Bonjour,
Pouvez vous essayer en ssh la solution suivante:
mv $HOME/R $HOME/R_Old
Ensuite:
module load r/4.0.2
R
Et enfin:
remotes::install_github("mahendra-mariadassou/phyloseq-extended", ref = "dev")
Bonjour !
Alors j'ai fait ce que vous m'avez conseillé, et j'ai un message d'erreur à l'installation :
Error: Failed to install 'phyloseq.extended' from GitHub:
(converted from warning) 'lib = "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.0.2/lib/R/library"' is not writable
In addition: Warning message:
In .rs.normalizePath(libPaths) :
path[1]="/shared/ifbstor1/home/mlavierichard/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/3.6": No such file or directory
Voilà, merci de votre aide.
Mathias
Pouvez vous essayez :
install.packages("dplyr")
Juste avant d'installer le package depuis github.
Il devrait vous poser la question:
et il faut repondre "yes" 2 fois et choisir un mirroir 33 par exemple.
Ensuite re-essayer la commande :
remotes::install_github("...
Je ne sais pas vraiment pourquoi cette derniere ne demande pas elle aussi ou installer les packages.
Bonjour,
A priori l'installation a fonctionné... j'ai un problème dans l'exécution de mon pipeline mais a priori ça ne vient pas de ça.
Je vous fait un retour final au plus vite.
Merci pour tout déjà !!