[Rstudio Server] Installation impossible des cours swirl

IFB Core Cluster
1

Bonjour tous,

J'essaie de faire installer le cours "R_Programming" sur la session Rstudio server de l'une de mes tutorés EBAII, mais quelle que soit la méthode, je n'arrive pas à installer les données. En effet, par défaut le package swirl installé sur l'instance est vide de ses cours (c'est normal), et le package possède divers moyens d'installer les cours de son choix (via url, via un github, via leur github, via un rép local, via un zip, etc). La méthode qui donne le résultat le plus avancé dans mes essais est la méthode de la fonction install_from_swirl(course_name = "R_Programming")*, qui finit en erreur :

Downloading: 46 MB     Error in file(con, "wb") : cannot open the connection
In addition: Warning message:
In file(con, "wb") :
  cannot open file '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.0.3/lib/R/library/swirl/Courses/temp.zip': Permission denied

Ca semble bloqué car ça tente d'écrire dans le rep de l'environnement conda global, donc j'ai tenté de forcer une librairie locale (via la variable R_LIBS_USER dans mon ~/.Renviron) mais sans succès.
Quelle solution verriez-vous ? Merci !

2

Bonjour,

Pouvez essayer d'abord d'installer un package du cran. Par exemple Impossible d'installer phyloseq.extended depuis mise à jour Rstudio - #6 par Francois

A priori, ça devrait définir les variables qui vont bien sur votre compte.

Et ensuite ré-essayer l’installer avec swirl.

3

Re François,

Merci pour la suggestion. Ca n'a malheureusement pas marché en installant un package quelconque du CRAN (mais je ne sais pas non plus si ce qui tourne derrière cette fonction "install_from_swirl" passe par devtools)...
... mais ça a marché en installant swirl depuis le CRAN ! En effet, comme il s'installe dans ma lib locale, qui prime sur la lib globale de l'environnement conda, je peux écrire dedans, donc installer les cours :smiley:

Merci encore !

2 « J'aime »