Bonjour,
Serait il possible d'installer ce programme svp ?
GitHub - nanoporetech/bonito: A PyTorch Basecaller for Oxford Nanopore Reads
Merci beaucoup,
Fred Chaux
Bonjour @fredchaux ,
Le programme n'est pas disponible via conda et cela rends l'installation de l'outil (la création du module via un container) plus fastidieuse et nous manquons actuellement de temps pour traiter ces demandes.
A défaut il devrait être possible d'installer vous-même bonito via pip comme suggéré dans la documentation. Par contre les versions de h5py et numpy (avec le module python/3.9) sont plus récentes que celles requises pour bonito et cela semble bloquant (à creuser)...
Il est aussi possible de créer et d'utiliser un container singularity sur le cluster si vous connaissez la technologie.
Désolé pour ce retour tardif.
Merci, pas de probleme.
Bon courage