Installation Cellpose

Bonjour,

Comment on peut installer un outil sous forme de env module qui ne soit pas disponible via bioconda ? En fait c'est juste du python donc j'ai un fichier environnement.yml avec la liste de tous les modules à installer. La je passe par un conda perso mais ça pourrait être bien de l'avoir sous forme de module.

Il s'agit de Cellpose . Le fichier environnement est Ici
La difficulté : il y a deux versions possible, une uniquement cpu, une autre avec GPU (dans leur github ils expliquent ce qu'il faut changer dans l'installation). L'idéal serait d'avoir la version GPU (qui fonctionne aussi bien à l'ifb qu'à l'igbmc).

Merci beaucoup par avance,

Quentin.

@team.software

Bonjour,

Oui c'est possible d'utiliser ce genre fichier conda pour créer un module sur le cluster qui utilise seulement des packages python.

Cependant, le ifbot ne sera pas en mesure de compléter automatiquement le fichier meta.yml, il faudra donc l’écrire vous même.

Par exemple:

deployment: conda

about:
  description: "Cellpost, a generalist algorithm for cellular segmentation"
  url: https://github.com/MouseLand/cellpose

Ou pour des exemples du meme genre déjà installé:

Bonjour,

Merci, je vais déjà tenter de le faire fonctionner sur le GPU et je ferai l'export de mon conda ça sera le plus simple je pense (l'ifb et l'igbmc ont les mêmes gpu il me semble ? Des A100? C'est important pour la version de cuda).

Quentin.

Bonjour Quentin,
Sur l'IFB, ce sont bien des A100: Cluster description - IFB Core Cluster Documentation

Bonjour,

je viens de faire la MR mais il me dit
" IFB Bot @ifbot · just now

Maintainer

Hi there!

I just wanted to let you know that I linted all changes in your MR.

cellpose v1.0
:bomb: Invalid conda environment definition

Please review your MR."

C'est normal?