Bonjour,
Est ce qu'il serait possible d'installer kentUtils ( https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils ). Ceux-ci contiennent bedSort et bedGraphToBigWig
J'ai essayé de simplement cloner le dépôt dans mon ~ mais lorsque j’exécute le binaire j'ai l'erreur suivante :
./bedSort: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
Par avance merci,
Vladimir
Bonjour,
Comme indiqué sur le lien github, ces binaires sont périmé.
Le problème en lui même vient du fait qu'il ne trouve pas la bibliothèque "libpng12", en général on le règle en définissant la variable d’environnement LD_LIBRARY_PATH pour pointer vers un répertoire qui contient ce fichier.
A noter que cette bibliothèque aussi est périmé.
Pouvez vous essayer avec des versions plus récentes de ces outils ?
(Le lien pour les nouveaux outils est proposer sur la page github de kentUtils)
En effet. J'ai (très) mal lu. Pardon pour ma confusion.
USCS distribue tous ces binaires precompilés.
rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./
Je les ai mis dans mon ~. Est-ce que vous pensez utile de la rendre disponible via module ?
Bonjour Vladimir,
On peut facilement installer ucsc-bedsort et ucsc-bedgraphtobigwig via Conda
Est-ce que ça ira ?
Bien-sûr ! Tant que les binaires sont dispo, peu importe le moyen 
Oki !
J'aime ce genre de mission facile 
Merci beaucoup ! 