Bonjour,
Dans le cadre d'un projet de recherche sur l'analyse de l'impact des mutations, j'ai besoin d'une installation du programme ESMFold (le concurrent d'AlphaFold2). ESMFold, a besoin de beaucoup de GPU (>30Go). Avec les liens ci-joints, vous pourrez trouver un protocol pour l'installation (ESMFold_install_protocol.md) et un jeu de données pour tester l'installation (ESMFold_test.zip). Pouvez-vous m'aider SVP? Merci d'avance.
Bien cordialement,
Kirsley
Bonjour Kirsley,
Je crains que l'on est pas assez de temps pour le faire (logiciel pas packagé).
Parle-t-on bien de GitHub - facebookresearch/esm: Evolutionary Scale Modeling (esm): Pretrained language models for proteins (il nous faut la source officielle du logiciel) ?
Bonjour,
Oui c'est la source c'est bien le Github officiel de GitHub - facebookresearch/esm: Evolutionary Scale Modeling (esm). J'ai rajouté le protocol à cause des dépendances qui peuvent manquer suivant l'environnement et qui ne sont pas spécifier dans le environment.yml (ex: Matplotlib et Biotite).
Rebonjour David,
Je peux essayer de l'installer dans mon environnement conda moi-même. Cependant, je n'arrive pas à voir les GPU et CUDA. J'ai regardé dans les libs de modules load et je vois bien cudatoolkit/11.6.0, pourtant je ne vois pas nvcc. Comment puis-je faire? Pouvez-vous m'aider? Merci
Kirsley