Bonjour,
Pourriez vous installer HiC-Pro sur le cluster de l'IFB ?
Voici le lien vers la documentation : GitHub - nservant/HiC-Pro: HiC-Pro: An optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing
Je vous remercie par avance,
Goran Royer
Hello @groyer, HiC-Pro v3.1.0 est maintenant disponible avec module load hicpro/3.1.0 et utilisable avec la commande HiC-Pro
Merci pour ta réponse ! Lorsque je lance la commande HiC-Pro, j'obtiens l'erreur suivante :
Est-ce normal ?
Merci de ton aide.
Goran
C'est pas "normal" mais ca ne devrait pas poser de problèmes pour le fonctionnement de l'outil normalement 
(c'est un reste de l'installation précédente que j'avais faite mais qui ne fonctionnait pas)
Je corrige ça dès que possible.
En effet, cela n'a posé aucun problème.
Je vous remercie
Bonjour
Merci pour l'installation.
J'avais une question à propos des fonctions associées à HiCPro comme split_sparse.py qui se trouve dans le dossier bin/utils : HiC-Pro/bin/utils at master · nservant/HiC-Pro · GitHub. Comment est-ce qu'on peut les lancer ?
Merci d'avance
Thibaut
Bonjour Thibaut,
Demande de modification en cours pour ajouter les "utils" de HiC-Pro: hicpro: add utils binaries (!1305) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
On reviens vers vous quand c'est déployé.
@tmatis les utilitaires associés (digest_genome.py, extract_snps.py, hicpro2fithic.py, hicpro2higlass.sh, hicpro2juicebox.sh, make_viewpoints.py, sparseToDense.py, split_reads.py, split_sparse.py) sont maintenant disponibles.
Il suffit de charger le module:
module load hicpro/3.1.0
Bonne journée
Merci beaucoup !
Thibaut