Installation de logiciel et mie à jour

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
Je souhaiterai installer de nouveaux logiciels sur le cluster je ne sais pas comment procéder.
Je voudrais installer des package python:
- msprime : Introduction — Msprime manual
- tspop : Basic usage — tspop 0.1 documentation
le logiciel ELAI : GitHub - haplotype/ELAI: Efficient Local Ancestry Inference
et savoir s'il est possible de mettre à jour Beagle sur la version 5.4 Beagle 5.4
Merci d'avance.
Cordialement,
Maud Duranton

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Bonjour Maud,

Pour les packages python, il est souvent simple de les installer soi-même dans on /home (pip install --user <module>).

Concernant les demandes:

# Lister les versions:
module av msprime
# Utiliser le module:
module load msprime/1.2.0

# Charger le module python correspondant
module load python/3.9 

# Installation de tspop
pip install --user tspop

# utilisation
python
>>> import tspop

  • ELAI
    ELAI n'est pas packagé et n'avons pas les moyens actuellement de le faire.
    Mais vous pouvez essayer de compiler vous même: commande make dans le dossier src (ou contacter le développeur pour qu'il documente et/ou fasse un "package").

  • Beagle 5.4
    Beagle n'est pas packagé en v5.4. La version 5.2 est elle packagé (bioconda).
    Du coup, je vous conseille de télécharger le .jar de Beagle et le lancer en utilisant le java correspondant (module load java-jdk/8.0.112).