Installation de logiciels MAFFT, Silix, TrimAl, RAxML

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Pour faire calculer des relations d'orthologies, j'aurai besoin des logiciels suivants:

Je n'ai pas encore pu me connecter au cluster pour savoir si certains étaient déjà installés (J'imagine que blast l'est...)

Merci d'avance,
Bonne journée

Christelle

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Bonjour Christelle,

Blast et MAFFT sont déjà disponible:

module load blast/2.7.1
module load mafft/7.407

L'installation de TrimAL et RAxML est en cours:

J'ai un problème avec SiLiX mais on travaille dessus.

Je reviens vers toi dès que possible.

A très vite.

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Hop, merci @dbenaben:

module load raxml/8.2.12
module load trimal/1.4.1
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Bonjour

De retour au labo, je vois les messages.
Merci !!
Il semble que sikux pose des problèmes.. Zut

Bon courage

Christelle

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Bonjour Christelle,

C'est sans compter les pouvoirs magiques de @gildaslecorguille et de @julien.
Silix devrait être bientôt disponible.

A bientôt

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Ah ben c'est top tout ça.!

J'avais écris il y a quelques temps à Julien car je n'ai pas reçu par mail mes identifiants pour me connecter.
Comment puis-je faire pour les obtenir ?

Merci pour le travail en tout cas !

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Bonjour Christelle,

Nous avons eu quelques retours sur des problèmes de réception des courriels (pas réceptionnés mais pourtant bien partis de chez nous).
Vos informations de connexions ont été renvoyé.

Bonne journée

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Bonjour

Identifiants bien reçus
Merci

Christelle

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@chris
silix est maintenant disponible sur le cluster

$ module load silix/1.2.9
$ silix --version
silix, ultra fast SIngle LInkage Clustering of Sequences -- version 1.2.9

Pour information, nous avons utiliser la technologie Singularity pour containeriser le logiciel

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Merci

Quel était finalement le problème dans l'installation?

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Bonjour,

Pas vraiment de problème. L'installation étant somme toute standard (make, make install).
Nous souhaitons par contre éviter au maximum les compilations et privilégier les installations par conda ou singularity pour faciliter la reproductibilité, la maintenance, etc.
Le paquet n'est pas disponible via conda. @julien a finalisé entre temps le processus d'installation pour singularity (via l'intégration continue de GitLab) et nous avons donc pu déployer Silix via ce process.

Bonne journée