Serait-il possible d'installer les logiciels suivants pour les rendre accessibles via module ?
Certains de ces logiciels sont peut-être déjà installés en tant que module sconda, mais on ne les trouve pas quand on les cherche avec module.
C'est le cas de fastp par exemple:
module avail -l | grep fastp
Aucune réponse, par contre si je charge le module de DU-Bii
module load du_bii_m4_production_donnees/2019
fastp en fait partie.
En généralisant: les usagers connaissent en général le nom de l'outil logiciel qu'ils veulent utiliser, ils veulent donc pouvoir identifier le module ou l'environnement conda qui leur donnera accès à cet outil logiciel. Comment fait-on pour trouver un outil , soit dans module, soit dans conda ?
merci
Jacques
@jvanhelden
C'est plutôt tophat premier du nom qui manque à Bioconda.
https://anaconda.org/bioconda/tophat désigne la version 2.1.1 qui correspond à tophat2
Il y a celui-ci si tu veux : https://bioconda.github.io/recipes/tophat-recondition/README.html ?
Merci pour l'installation rapide. En fait c'est tophat2 que je voudrais utiliser, mais je trouve le nom un peu confus. Avec bowtie, macs et compagnie on appelle la première version machin et la seconde machin2, mais machin.
Mais bon du moment qu'on peut l'utiliser tout va bien 
Oki, du coup, ça devrait être bon depuis le merge.
Bonne continuation.
Oui, tout est impec, j'ai aussi testé les autres logiciels. Merci pour la réponse-turbo (toujours agréable, même si elle est habituelle) !
Hmm, la commande sicle n'est pas trouvée.
Une idée ?
[jvanhelden@cpu-node-27 StressNet]$ module load sickle
[jvanhelden@cpu-node-27 StressNet]$ sickle
bash: sickle: command not found
[jvanhelden@cpu-node-27 StressNet]$ module load sickle
[jvanhelden@cpu-node-27 StressNet]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
1) snakemake/5.3.0 2) sickle/0.6.4
[jvanhelden@cpu-node-27 StressNet]$ which sickle
/usr/bin/which: no sickle in (/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/sickle-0.6.4/bin:/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/snakemake-5.3.0/bin:/shared/home/jvanhelden/miniconda3/bin:/shared/software/sinteractive:/shared/home/jvanhelden/miniconda3/bin:/shared/software/sinteractive:/shared/software/modules/4.1.4/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/go/1.11.5/bin:/opt/go/packages/bin:/shared/home/jvanhelden/.local/bin:/shared/home/jvanhelden/bin:/opt/go/1.11.5/bin:/opt/go/packages/bin)
Les autres outils sont bien trouvés (tophat, fastp).
Merci
Jacques
Ca n'était pas le bon nom de package 
sickle-trim et non sickle
Merge Request en cours : https://gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/taskforce/conda-env/merge_requests/103