Installation de LongQC

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Serait-il possible d'installer LongQC https://github.com/yfukasawa/LongQC qui permet de générer un rapport qualité pour les long reads.
Sauf erreur de ma part, il n'est pas disponible sur le cluster.

Merci de votre aide
Très bonne journée
Marion

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Bonjour @Marion,

C'est disponible sur le cluster: try to create a singularity image for longqc (!244) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab

En chargeant le module suivant:

module load longqc/1.1.1

Ça a l'air de fonctionner, au moins pour afficher l'aide:

image
image1360×378 48 KB

C'est probable que l'installation ne soit pas parfaite, si vous rencontrez un souci en l'utilisant, alors n’hésitez pas à nous en informer.

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Bonjour @Francois

Merci beaucoup !! Je vais le tester de ce pas...

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Bonjour @Marion,

J'essaye d'utiliser LongQC mais sans succès.

J'ai fait un script "simple" que je soumet avec sbatch. J'ai deux fichiers d'erreur ... comme si j'avais deux jobs avec même id lancés. Le 1er s’arrête avec "NODE_FAIL, ExitCode 0" après un temps variable et le 2eme "output path already exists" (forcement, car il a été crée par le 1er job).

merci pour toute aide,
Vladimir

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Bonjour @VDaric,

Je n'ai pas eu de souci particulier avec la version 1.1.1
voici un exemple de script de soumission qui fonctionne pour moi.
Je travaille sur des données nanopore RNAseq.

#!/bin/bash

################################ Slurm options #################################

### Job name
#SBATCH --job-name=longQC

### Requirements
#SBATCH --partition=fast
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --mem 25000 # mémoire (en MB)
#SBATCH -n 8 # nombre de processeurs

### Output
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out # la sortie standard
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err # la sortie erreur standard


################################################################################

echo '########################################'
echo 'Date:' $(date --iso-8601=seconds)
echo 'User:' $USER
echo 'Host:' $HOSTNAME
echo 'Job Name:' $SLURM_JOB_NAME
echo 'Job Id:' $SLURM_JOB_ID
echo 'Directory:' $(pwd)
echo '########################################'



module load longqc/1.1.1

longQC.py sampleqc -t -x ont-rapid -p 8 -o longQC/blatter_alt read_nanopore_Coccina_gr_blatter_alt.fastq.gz

J'espère que ça peut t'aider !

Marion
PS : et le bonjour de l'IPS2 :stuck_out_tongue_winking_eye:

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Merci @Marion ! :slight_smile: T un chef !

C'est globalement ce que je fais, modulo type de données (PacBio RSII dans mon cas) et le fait que j'utilise longqc/1.2.0 ce qui m'oblige à charger singularity au préalable.

Je vais tester longqc/1.1.1.

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=longqc
#SBATCH -n 4 # number of cores
#SBATCH -N 1 # nodes
#SBATCH --mem 5g
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err
#SBATCH --mail-user=vladimir.daric@cnrs.fr
#SBATCH --mail-type=FAIL

module load singularity
module load longqc/1.2.0b

IN=in/Down_210503_01/Am-T4-HMW1.fq.gz

OUTDIR=out/Am-T4-HMW1
mkdir -p ./out

longQC.py sampleqc
-p $SLURM_CPUS_ON_NODE
--mem 2
-x pb-rs2 -o $OUTDIR $IN

PS : IPS2 4ever !

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Ceci dit, tu demandes beaucoup de ram ! (25G) .... ça peut être également une cause de mes craches (ce que le message d'erreur n'a pas du tout l'air d'indiquer).

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Oui il en faut bien un peu !

sacct -j 17241671 --units G
               JobID    JobName      User  Partition  MaxVMSize        NodeList    Elapsed      State ExitCode     MaxRSS                        AllocTRES 
-------------------- ---------- --------- ---------- ---------- --------------- ---------- ---------- -------- ---------- -------------------------------- 
            17241671     longQC mverdena+       fast                cpu-node-41   00:05:12  COMPLETED      0:0            billing=8,cpu=8,mem=24.41G,node+ 
      17241671.batch      batch                          19.54G     cpu-node-41   00:05:12  COMPLETED      0:0     12.90G          cpu=8,mem=24.41G,node=1
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