Bonjour
Nous souhaiterions utiliser les outils publiés sur cette référence Redirecting,
Notamment la suite FrEIA, disponible sur le github suivant : GitHub - mouliere-lab/FrEIA: Fragment End Integrated Analysis tool
Est il possible de l'installer pour accès dans les modules ? ou avons nous les droits et/ou est il préférable de récupérer les scripts de notre coté pour les faire tourner hors modules dispo à la communauté?
Merci par avance
Guillaume Beinse
même question pour le github GitHub - shendurelab/cfDNA: Analysis of epigenetic signals captured by fragmentation patterns of cell-free DNA
merci+++ !
Bonjour à tous @team.software @team.bank @team.ifbcorecluster
J'espère que vous avez passé de bonnes fêtes!
Je reviens sur le message concernant le github GitHub - shendurelab/cfDNA: Analysis of epigenetic signals captured by fragmentation patterns of cell-free DNA. Bon j'ai fini par comprendre que c'est un simple repository de script et non un "package" prêt (mes excuses).
J'ai une difficulté pour faire tourner les scripts, pour ce que je comprend être des raisons d'environnement, essentiellement reposant sur d'anciennes versions:
python/2.7.3
numpy/1.7.0
pysam/0.7.5
bx-python/0.6.0
je suis un peu perdu sur la façon dont m'y prendre pour lancer les commandes comme "python2 script.py input.bam" dans un script SLURM avec sbatch en étant sûr que cette commande s'execute dans le bon environnement (privé versus partagé).
merci de votre aide++
bonne année à tous
Guillaume