Installation de ShortStack et miRdeep2

Bonjour c'est encore moi :slight_smile:
Serait-il possible d'installer ShortStack (https://github.com/MikeAxtell/ShortStack) qui permet de faire des multi-mapping de données smallRNAseq

Et de Mirdeep2 (https://sourceforge.net/projects/mirdp2/) qui permet l'identification de nouveaux miRNAs ?

merci et bonne journée !

Et j'en profite également, j'ai vu que dans l'utilisation de Short Stack, il est conseillé d'avoir le ViennaRNApackage (https://github.com/ViennaRNA/ViennaRNA) est-ce possible de l'installer également ?

Merci beaucoup

Bonjour,

Ca devrait être facile.
Mirdeep2 et (ShortStack)[https://anaconda.org/bioconda/shortstack] sont disponibles sous Conda/Bioconda.

ViennaRNApackage est d'ors-et-déjà inclus dans la package de ShortStack

Du coup, ça ne devrait pas trainer :slight_smile:

Je dois juste lancer la commande indiquée ?
image

Merci en tout cas

Non non, c'est nous qui installons les packages via conda et les mettons à disposition.

Et c'est tout bon

module load mirdeep2/2.0.1.2
module load shortstack/3.8.5

Pour info, voici ce qui se passe en coulisse : ifb-elixirfr/cluster/tools

1 « J'aime »

Bonjour,
Hello @team.bank
Désolé de ressortir ce sujet, je viens de me rendre compte que entre le lien que je vous avait fourni (https://sourceforge.net/projects/mirdp2/) et ce que vous avez installé (https://anaconda.org/bioconda/mirdeep2) ce ne sont pas les mêmes modules..
En effet, ce que je voulais installer était mirdeep P2 et non mirdeep2 et je pensais que les deux étaient la meme chose.. Est-ce qu'il serait donc possible d'installer le mirdeep P2 (https://sourceforge.net/projects/mirdp2/) qu'on peut appeler MIRDP2, sachant que je crois que ce module nécessite également le module ViennaRNApackage https://github.com/ViennaRNA/ViennaRNA, je sais pas s'il est compris dans l'installation du mirdeepP2 (mirdp2)

J'espère que je suis compréhensible ^^

Merci et bonne journée,