Serait-il possible d'installer les logiciels nextclade et pangolin, qui sont nécessaires pour le projet EMERGEN ?
Merci
Bonjour Jacques,
L'installation est en cours
Trop génial, on n'a presque pas le temps d'envoyer la requête avant qu'elle soit prise en charge.
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Bonjour Jacques,
nextclade et pangolin sont maintenant disponibles. Comme d'habitude:
module load nextclade/1.2.0
module load pangolin/3.1.7
Bonne journée
Merci @dbenaben
@thomasdenecker et moi l'avons utilisé 30 threads (via slurm) et les deux logiciels tournent sans problème sur le cluster.
Une question/requête additionnelle: les logiciels pangolin et nextclade font l'objet de mises à jour régulières pour tenir compte de l'évolution du virus SARS-CoV-2, et il est crucial de disposer à tout moment de la toute dernière version pour pouvoir détecter les nouveaux variants.
Serait-il possible de mettre en place un système (alerte ? vérification quotidienne ?) qui assure l'installation systématique des nouvelles versions (plus précisément, le remplacement des anciennes par les nouvelles) ?
Merci
Jacques
Il faudrait monitorer bioconda ou directement anaconda.org. Je ne sais pas si ça va fonctionner, mais j'ai ajouter ces 2 programmes dans mes favoris, je ne sais pas si je receverais une alerte.
C'est pas très FAIR de remplacer. Nous ne supprimons pas de versions d'outils, pour la reproductibilité. Comme il est déconseillé de ne pas indiquer la version lors du chargement d'un outil module load nextclade/1.2.0 .
Une autre approche pourrait-elle être de lancer périodiquement un conda update sur ces deux packages ? Une fois par jour par exemple ?
Non, nous avons un env conda par version.
Donc il faut recréer un nouvel env avec version pour une nouvelle version.
Bonjour le cluster,
Pourriez-vous faire la mise à jour de nextcalde et pangolin ? Le logiciel a évolué, les nomenclature de variants SARS-CoV-2 également, et on doit absolument utiliser la version la plus récente pour EMERGEN-DB.
Je mets sur ce ticket @thomasdenecker et @arthurlebars qui testeront les nouvelles versions dès qu'elles seront installées
Merci
Jacques
Installation en cours, désolé, nous n'avions pas vu ta requête
Merci @gildaslecorguille
@arthurlebars , peux-tu tester l'intégration de ces nouvelles versions avec l'API d'EMERGEN-DB ?
Merci Gildas pour la mise a jour des outils. J'ai lancé un job pour pango et nextclade. J'enverrais les résultats a @thomasdenecker pour vérifier qu'ils sont bien importables dans emergen-db
Merci @gildaslecorguille !