Bonjour,
Dans le cadre de ma mission j'aurai besoin d'utiliser un certain nombre d'outils pour la détection de CNV en vue d'un benchmarking.
Suite à une étude d'implémentation un catalogue assez large a été recensé ici.
Serait-il possible, dans un premier temps d'installer les outils suivants ? Ils possèdent normalement tous les 4 une implémentation sous conda:
Merci beaucoup
Bonjour @rioualen
Les outils demandés sont maintenant disponibles.
Pour cnvkit:
module load cnvkit/0.9.10:
Les packages cn.MOPS et Exomedepth sont eux disponibles avec R 4.2.3:
module load r/4.2.3
Pour Conifer, les dépendances nécessaires ont été installées sous python 2.7. Pour l'utiliser il faudra cependant télécharger le code source et charger l'environnement python 2.7 (impossible de l'installer via le package conda):
wget --no-check-certificate https://kumisystems.dl.sourceforge.net/project/conifer/CoNIFER%200.2.2/conifer_v0.2.2.tar.gz && tar -xvzf conifer_v0.2.2.tar.gz && cd conifer_v0.2.2
module load python/2.7
python conifer.py -h
Bonnes analyses 