Installation d'outils pour détection de CNV

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Dans le cadre de ma mission j'aurai besoin d'utiliser un certain nombre d'outils pour la détection de CNV en vue d'un benchmarking.

Suite à une étude d'implémentation un catalogue assez large a été recensé ici.

Serait-il possible, dans un premier temps d'installer les outils suivants ? Ils possèdent normalement tous les 4 une implémentation sous conda:

  • CNVkit
  • cn.MOPS
  • CoNIFER
  • ExomeDepth

Merci beaucoup

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Bonjour @rioualen

Les outils demandés sont maintenant disponibles.

Pour cnvkit:

module load cnvkit/0.9.10:

Les packages cn.MOPS et Exomedepth sont eux disponibles avec R 4.2.3:

module load r/4.2.3

Pour Conifer, les dépendances nécessaires ont été installées sous python 2.7. Pour l'utiliser il faudra cependant télécharger le code source et charger l'environnement python 2.7 (impossible de l'installer via le package conda):

wget --no-check-certificate https://kumisystems.dl.sourceforge.net/project/conifer/CoNIFER%200.2.2/conifer_v0.2.2.tar.gz && tar -xvzf conifer_v0.2.2.tar.gz && cd conifer_v0.2.2
module load python/2.7
python conifer.py -h

Bonnes analyses :slight_smile:

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Merci @arthurlebars !

Pour ExomeDepth on dirait qu'il y a un souci d'installation

$ echo "library(ExomeDepth)" > test_exomedepth.R
$ Rscript test_exomedepth.R
During startup - Warning message:
Setting LC_CTYPE failed, using "C" 
Error in library(ExomeDepth) : there is no package called 'ExomeDepth'
Execution halted

Pour les autres outils ça a l'air OK :slight_smile: