Bonjour
Faute d'espace disque, je ne peux utiliser directement les pipelines nf-core (Sarek 3.5.1). J'aimerais donc lancer "manuellement" chaque étape mais en collant au mieux au dépendances utilisées dans Sarek.
Merci beaucoup à vous
Maria
à moins que l'image singularity de Sarek soit disponible quelque part ?
Mais j'avoue je ne suis pas au point sur l'utilisation de Nextflow / nf-core et des outils satellite de gestions des dépendances ...
Bonjour Maria,
Pas expert non plus sur nf-core mais si c'est "juste" un manque d'espace, nous pouvons augmenter l'espace projet.
Je pense qu'il suffit de télécharger l'image de sarek dans le dossier projet (par exemple /shared/projects/compagne) et de travailler dans ce dossier.
Quelle est l'erreur précisément ?
Merci David,
Je n'ai pas d'erreur, juste pas assez de place ... mais ici on parle plutôt de 70To! (Nextflow et sa floppée de fichiers temporaires nous rend la vie difficile ...)
A priori il n'y a pas d'image singularity du workflow, elles sont construites à la volée au moment du lancement de chaque "module" du workflow.
Je vais me débrouiller "à la main" comme avant, et avec les versions dispo sur le cluster.
Peut être que mettre à jour GATK serait une bonne chose pour le cluster quand même!
a+
70To
Ah oui ok.
Les mésocentres (Les mésocentres en France) disposent d'espace /scratch (/tmp) souvent très important et utilisable directement (par exemple au MCIA, c'est 400To). Peut-être regarder de ce côté si besoin.
Dans tous les cas, en effet, la mise a jour de GATK ne fera pas de mal