Pour info je viens de lancer l'installation de Dragmap. Une version open source de l'aligner d'illumina. Il est utile pour le pipeline dragen-gatk. Son plus gros défaut est qu'il est relativement lent (même si son temps d'exécution diminue de manière linéaire avec le nombre de thread même jusqu'à 50 threads) mais il permet d'augmenter la précision, il est alt aware et accepte le format unmapped bam en input.
https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/652
Quentin