Installation du package CRAN mixKernel

jvanhelden · Février 21, 2019, 7:45

Pour le cours du mardi 26/2, Jérôme Mariette a demandé s’il serait possible d’installer la bibliothèque
CRAN mixKernel.

https://cran.r-project.org/web/packages/mixKernel/index.html
Ce package n’existe pas sous conda. Est-ce que vous pouvez l’installer sur le cluster et sur le serveur RStudio ? Et bien entendu si vous arrivez à le packager sous conda cce serait encore mieux. Faudra que vous me montriez comment on fait cela, à l’occasion.

Merci !

Jacques

gildaslecorguille · Février 22, 2019, 12:54

@jvanhelden, mixKernel devrait être maintenant disponible sur rstudio

La packaging conda est en cours (il manque un dépendance à faire passer avant)
Vous le voudrez intégré à quel environnement DuBii ?

jvanhelden · Février 22, 2019, 1:37

Génial le support ! Merci.

En fait j’ai réalisé que je n’avais pas encore installé le fichier yaml conda pour le module 6 (bioinforlatique intégrative).

Il se trouve ici

github.com

DU-Bii/module-6-Integrative-Bioinformatics/blob/master/conda-dubii-6-integrative-bioinformatics.yml

name: dubii19_integrative_bioinfo

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - lcantini
  - r
  - default

dependencies:

  ## RCRAN packages
  - conda-forge::r-base  >=3.5,< 3.6
  - conda-forge::r-mixomics

  ## Bioconda

  ## Other packages
  - lcantini::r-mofa

Il faudra lui ajouter mixKernel quand l’installation conda aura été validée.

Merci,

Jacques

gildaslecorguille · Février 22, 2019, 2:16

PR en cours : https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/pull/13745

En gros :

conda skeleton cran mixKernel

Un peu de ménage via ce guide : https://bioconda.github.io/guidelines.html#r-cran
Vérification de l’existence des dépendances
conda build . en local ou autre https://bioconda.github.io/contrib-setup.html#install-the-circle-ci-client-optional
git push sur bioconda

Easy

gildaslecorguille · Février 22, 2019, 9:51

Done aussi pour l’env Conda

$ module load du_bii_m6_integrative_bioinfo/2019
$ R
> library(mixKernel)