Installation FeGenie

IFB Core Cluster
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Bonjour,

Est-il possible d'installer FeGenie ?

FeGenie est un outil très spécifique car il permet l'identification des gènes du fer dans les génomes et les métagénomes, sur la base de profils HMM. Si c'est trop spécifique je peux l'installer moi même dans le groupe.

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Bonjour,
L'installation est en cours : Add fegenie/1.2 (!843) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Loraine

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Parfait merci !

La database suivante sera t-elle installée ?

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Elle est déjà disponible : /shared/bank/nr/current/fasta/nr.fsa
Loraine

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Bonjour,
fegenie est installé

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Bonjour,

J'ai un problème avec la base de données (en l'utilisant avec conda):

Database input file: /shared/bank/nr/current/fasta/nr.fsa
Opening the database file... Permission denied
 [0.003s]
Error: Error opening file /shared/bank/nr/current/fasta/nr.fsa.dmnd
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Du coup, plutôt viser /shared/bank/nr/current/diamond

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Merci mais j'ai la même erreur. J'ai essayé en donnant le dmnd ou juste le dossier sans le fichier exacte mais ça ne marche pas non plus.

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Bonjour @emendes,
Le code de fegenie prend apparemment le chemin du fichier fourni en argument (-ref) auquel il ajoute le suffixe .dmnd (FeGenie/FeGenie.py at master · Arkadiy-Garber/FeGenie · GitHub). Cela devrait donc fonctionner avec -ref /shared/bank/nr/current/diamond/nr
Pouvez-vous essayer avec cela ?
Loraine

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Effectivement ça marche, ce n'est pas une histoire de permission, le code est clair !

Merci

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