Hello à tous,
Je souhaiterais utiliser un outil (GOTHIC++: https://github.com/biscuit13161/GOTHiC) de détection d'intéractions différentielles de la chromatine à partir de données C-HiC. J'ai essayé de l'installer en local mais la version de CMake demandée est plus récente que celle du cluster et y a plein de dépendances.
Serait-il possible de l'installer ?
Merci beaucoup,
Elodie
Bonjour @Elodie,
Pour déployer GOTHIC++ sur le cluster il nous faut soit un package conda, soit une image singularity.
Il n'y a pas encore de package conda pour GOTHIC++. Est-ce que tu saurais en créer un (https://bioconda.github.io/contributor/index.html) ?
Sinon, tu peux passer par une image singularity en contribuant directement sur notre dépôt de déploiement : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools#singularity
Qu'en penses-tu ?
Julien
Merci pour ta réponse rapide. J'avais tenté de faire un environnement conda et j'ai abandonné (un peu vite) car les dépendances me paraissaient compliquées à trouver, genre C99 et C++17-compatible compiler. Je suis en contact avec le développeur, je vais y travailler avec lui. Singularity de préférence ?
Elo
J'aurais dit priorité Bioconda pour en faire profiter le plus grand nombre.
Ce guide pourrait vous montrer la voie : https://bioconda.github.io/contributor/guidelines.html#c-c ?
Ok! Merci pour le lien. Je vais potasser ça. C'est la bonne occasion pour apprendre 