Bonjour,
pourriez vous installer helixer GitHub - weberlab-hhu/Helixer: Using Deep Learning to predict gene annotations
il s'agit d'un outils d'annotation de genomes (il nécessite un GPU)
Merci beaucoup
Aurélie
Bonjour @amesnil, les instructions fournies par les auteurs ne permettent pas de faire une installation propre sur le cluster en tant que module malheureusement. Ils ont mis a disposition un fichier singularity cependant: GitHub - gglyptodon/helixer-docker, qui devrait vous permettre d'utiliser Helixer sur le cluster:
module load singularity
# pull current docker image
singularity pull docker://gglyptodon/helixer-docker:helixer_v0.3.3_cuda_11.8.0-cudnn8
# in this example, the directory "helixer_test" already contains downloaded data
singularity run --nv helixer-docker_helixer_v0.3.3_cuda_11.8.0-cudnn8.sif Helixer.py --fasta-path helixer_test/Arabidopsis_lyrata.v.1.0.dna.chromosome.8.fa.gz --lineage land_plant --gff-output-path Arabidopsis_lyrata_chromosome8_helixer.gff3
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Bonjour,
Ok, c'est noté,
Merci !
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