Bonjour,
Je voudrais faire une demande d'installation de la HHsuite ainsi que des banques UniRef30_2022_02 et pfam35.
https://wwwuser.gwdg.de/~compbiol/uniclust/2022_02/
https://wwwuser.gwdg.de/~compbiol/data/hhsuite/databases/hhsuite_dbs/
Merci d'avance,
Bonne journée
Amélie
Bonjour @Amelie_Besombes
hhsuite est en cours d'installation : Add hhsuite/3.3.0 (!1131) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Je laisse la main à @team.bank pour les banques car je n'ai pas la main pour les installer sur l'infra
Loraine
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@lgueguen ok pour qu'on te donne accès à /shared/bank
(on est en train de revoir le fonctionnement de se dossier) ?
Super ! Merci beaucoup @lgueguen
Amélie
ok. Je tacherai de respecter l'organisation des banques déjà en place
Cool. Je te ferai signe quand ce sera fait.
@dbenaben Il s'agit de banques formatées pour hhsuite. Je les ajoute dans /shared/bank/pfam/hhsuite/pfamA_35.0
et /shared/bank/uniref30/hhsuite/uniref30_2022_02
, ou bien je crée un répertoire /shared/bank/hhsuite
contenant les banques ?
Honnêtement je sais pas trop. Si ce sont des données formatés spécifiquement pour hhsuite, j'aurais tendance à créer un dossier dédié /shared/bank/hhsuite
mais on peut facilement me convaincre du contraire ;p
Merci pour les droits @dbenaben
@gildaslecorguille Je viens de voir que des banques indexées pour diamond (pareil pour mmseqs) sont, elles, placées, non pas dans /shared/bank/diamond
, mais dans /shared/bank/uniprot_swissprot/uniprot_swissprot_2020_03/diamond/
et dans /shared/bank/uniref90/uniref90_2020_03/diamond
J'installe quand même les banques demandées dans /shared/bank/hhsuite
?
Bonjour @Amelie_Besombes
L'outil est disponible avec module load hhsuite
La banque pfam est disponible ici /shared/bank/hhsuite/pfam/current/
La banque uniref30 (plus volumineuse) est en cours d'installation ici /shared/bank/hhsuite/uniref30/current/
Loraine
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@Amelie_Besombes uniref30 est installée
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