Installation logiciel

Thrylia · Décembre 9, 2022, 1:28

Bonjour,

Serait-il possible d'installer les logiciels AMRFinderPlus v3.10.45 qui permet de rechercher des gènes connus de résistance aux antibiotiques, ainsi que CARD RGI v6.0.1 qui est plus exhaustif dans ses recherches ?
Il me semble également que CARD RGI a besoin de télécharger sa propre base de données après installation... Serait-il possible de la stocker quelque part ?

AMRFinderPlus : GitHub - ncbi/amr: amr_finder
CARD RGI : GitHub - arpcard/rgi: Resistance Gene Identifier (RGI). Software to predict resistomes from protein or nucleotide data, including metagenomics data, based on homology and SNP models.

En vous remerciant par avance de votre aide et en vous souhaitant une bonne journée,
Aurélie

dbenaben · Décembre 9, 2022, 1:53

Bonjour,

Demande d'installation en cours:

dbenaben · Décembre 13, 2022, 8:35

Modules disponibles. Comme d'habitude:

module load ncbi-amrfinderplus/3.10.45

module load rgi/6.0.1

Bonne journée

Thrylia · Décembre 14, 2022, 9:37

Merci beaucoup pour votre rapidité !

Malheureusement il semble y avoir un soucis pour la DB de AMRFinder...
Lorsque je lance la commande pour rechercher des gènes dans mes génomes, j'obtiens l'erreur suivante :

HOSTNAME: core-login2.cluster.france-bioinformatique.fr
SHELL: /bin/bash
PWD: /shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/7_Contamination/16S_in_silico/V1V9_AMRFinder
PATH: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blast-2.12.0/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/samtools-1.15.1/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/bin/:/shared/home/apeticca/perl5/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/condabin:/opt/status_bars/status_bars/:/shared/software/sinteractive:/shared/software/modules/4.6.1/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/go/1.14.4/bin:/opt/go/packages/bin:/shared/home/apeticca/edirect:/shared/home/apeticca/.local/bin:/shared/home/apeticca/bin
Progam name: amrfinder
Command line: amrfinder -n /shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/7_Contamination/16S_in_silico/V1V9/bacterial_sequences/contig_7827.fasta -o No_prokka/contig_7827 --name contig_7827 --nucleotide_output No_prokka/contig_7827.report.fa --threads 8
Running: amrfinder -n /shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/7_Contamination/16S_in_silico/V1V9/bacterial_sequences/contig_886.fasta -o No_prokka/contig_886 --name contig_886 --nucleotide_output No_prokka/contig_886.report.fa --threads 8
Software directory: '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin/'
Software version: 3.10.45
WARNING: This was compiled for running under bioconda, but $CONDA_PREFIX was not found
Reverting to hard coded directory: /opt/conda/conda-bld/ncbi-amrfinderplus_1666632148554/_build_env/share/amrfinderplus/data/latest

*** ERROR ***
No valid AMRFinder database found.
Symbolic link is not found: /opt/conda/conda-bld/ncbi-amrfinderplus_1666632148554/_build_env/share/amrfinderplus/data/latest
To download the latest version to the default directory run: amrfinder -u

J'ai donc tenté de lancer la commande "amrfinder -u" pour installer la dernière DB. Mais sans résultat :

Running: amrfinder -u
Software directory: '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin/'
Software version: 3.10.45
WARNING: This was compiled for running under bioconda, but $CONDA_PREFIX was not found
Reverting to hard coded directory: /opt/conda/conda-bld/ncbi-amrfinderplus_1666632148554/_build_env/share/amrfinderplus/data/latest
Running: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin/amrfinder_update -d /opt/conda/conda-bld/ncbi-amrfinderplus_1666632148554/_build_env/share/amrfinderplus/data
Looking up databases at Index of /pathogen/Antimicrobial_resistance/AMRFinderPlus/database

*** ERROR ***
Cannot create directory "/opt/conda"

HOSTNAME: core-login2.cluster.france-bioinformatique.fr
SHELL: /bin/bash
PWD: /shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/7_Contamination/16S_in_silico/V1V9_AMRFinder
PATH: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blast-2.12.0/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/samtools-1.15.1/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/bin/:/shared/home/apeticca/perl5/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/condabin:/opt/status_bars/status_bars/:/shared/software/sinteractive:/shared/software/modules/4.6.1/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/go/1.14.4/bin:/opt/go/packages/bin:/shared/home/apeticca/edirect:/shared/home/apeticca/.local/bin:/shared/home/apeticca/bin
Progam name: amrfinder_update
Command line: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin/amrfinder_update -d /opt/conda/conda-bld/ncbi-amrfinderplus_1666632148554/_build_env/share/amrfinderplus/data

*** ERROR ***
'/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin/amrfinder_update' -d '/opt/conda/conda-bld/ncbi-amrfinderplus_1666632148554/_build_env/share/amrfinderplus/data' > /tmp/amrfinder.J0AfOk/log
status = 256

HOSTNAME: core-login2.cluster.france-bioinformatique.fr
SHELL: /bin/bash
PWD: /shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/7_Contamination/16S_in_silico/V1V9_AMRFinder
PATH: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blast-2.12.0/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/samtools-1.15.1/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/bin/:/shared/home/apeticca/perl5/bin:/shared/ifbstor1/software/miniconda/condabin:/opt/status_bars/status_bars/:/shared/software/sinteractive:/shared/software/modules/4.6.1/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/go/1.14.4/bin:/opt/go/packages/bin:/shared/home/apeticca/edirect:/shared/home/apeticca/.local/bin:/shared/home/apeticca/bin
Progam name: amrfinder
Command line: amrfinder -u

Auriez-vous le chemin vers la base de données ?
J'ai cherché dans le dossier "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/ncbi-amrfinderplus-3.10.45/" mais rien n'a attiré mon attention comme pouvant être la DB nécessaire à ARMFinder...

En vous remerciant encore,
Aurélie

dbenaben · Décembre 14, 2022, 9:42

En effet, j'ai oublié cette partie....

J'essaie de faire ça asap ( en suivant la doc GitHub - arpcard/rgi: Resistance Gene Identifier (RGI). Software to predict resistomes from protein or nucleotide data, including metagenomics data, based on homology and SNP models.)

Thrylia · Décembre 14, 2022, 9:49

Merci beaucoup !
Apparemment RGI et ARMFinder ont besoin de leur DB... Je n'avais pas bien compris non plus !

dbenaben · Décembre 14, 2022, 2:06

Aurélie,

La base de donnée AMRFinder a été installé dans /shared/bank/amrfinder/.
Pour l'utiliser, il suffit donc de spécifier le path en paramètre de amrfinder:

amrfinder --database /shared/bank/amrfinder/latest/ <...>

En revanche pour la base "Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)", c'est plus compliqué...
Les données sont soumises à une licence restrictive: The Comprehensive Antibiotic Resistance Database

Use or reproduction of these materials, in whole or in part, by any commercial organization whether or not for non-commercial (including research) or commercial purposes is prohibited, except with written permission of McMaster University. Commercial uses are offered only pursuant to a written license and user fee. To obtain permission and begin the licensing process, see The Comprehensive Antibiotic Resistance Database.

Ce qui est plus gênant...

Et le droit d'usage pour une organisation n'est pas très clair pour moi. On peut aussi lire par exemple: https://research.mcmaster.ca/industry-investors/technologies-available-for-licensing/quality-of-life-questionnaires-tools/popular-licensed-tools/card-comprehensive-antibiotic-resistance-database/

The CARD database has been made readily available for personal and public non-commercial, research or academic use by individuals at academic, government, or non-profit institutions only and except where otherwise prohibited, may be reproduced, in part or in whole and by any means, without charge or further permission from McMaster University. Any other organization must seek to obtain a license by filling out the form below.

Aussi, si vous avez besoin de cette base de donnée, je vous invite à vous mettre en accord avec la licence et à télécharger la base vous-même (dans votre /home).

Est-ce que cela vous va de fonctionner comme ça ?

Thrylia · Décembre 15, 2022, 4:28

Merci !
Pas de soucis pour la DB de CARD dans le home, merci d'avoir regardé aussi loin dans les licences. Comme il s'agit d'une recherche publique et non commerciale, il semblerait (d'après le site de McMaster University) que je puisse l'utiliser sans demander de plus ample autorisation.

Mais du coup j'ai un nouveau problème lors du protocole d'installation... Arrivé à l'étape :
rgi card_annotation -i ./card.json > card_annotation.log 2>&1
J'obtiens une erreur mais cette fois-ci concernant Python... Et charger les différents modules/versions de Python ne semble pas résoudre le problème, comme apparemment RGI vient avec ses propres fichiers Python... même mettre à jour les différents packages (numpy et par désespoir scikit-image) ne changent rien...

Traceback (most recent call last):
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/bin/rgi", line 2, in <module>
    from app.MainBase import MainBase
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/app/MainBase.py", line 16, in <module>
    from app.BWT import BWT
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/app/BWT.py", line 9, in <module>
    import dask.dataframe as dd
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/dask/dataframe/__init__.py", line 2, in <module>
    import dask.dataframe._pyarrow_compat
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/dask/dataframe/_pyarrow_compat.py", line 5, in <module>
    import pandas as pd
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/pandas/__init__.py", line 22, in <module>
    from pandas.compat import is_numpy_dev as _is_numpy_dev  # pyright: ignore # noqa:F401
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/pandas/compat/__init__.py", line 18, in <module>
    from pandas.compat.numpy import (
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/pandas/compat/numpy/__init__.py", line 4, in <module>
    from pandas.util.version import Version
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/pandas/util/__init__.py", line 2, in <module>
    from pandas.util._decorators import (  # noqa:F401
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/pandas/util/_decorators.py", line 14, in <module>
    from pandas._libs.properties import cache_readonly
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rgi-6.0.1/lib/python3.8/site-packages/pandas/_libs/__init__.py", line 13, in <module>
    from pandas._libs.interval import Interval
  File "pandas/_libs/interval.pyx", line 1, in init pandas._libs.interval
ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 88 from C header, got 80 from PyObject

Une idée...? (Pas facile ces bases de données quand même !)

Thrylia · Décembre 22, 2022, 10:16

Bonjour,
je me permets d'ajouter une nouvelle réponse parce qu'entre-temps j'ai appris l'existence de la plateforme abromisc (?) où le logiciel serait potentiellement déjà installé et fonctionnel.
Serait-il possible d'y avoir l'accès juste le temps de lancer mes analyses ?

En vous remerciant encore,
Aurélie

nbouche · Juin 23, 2023, 8:19

Serait il possible d'installer la version 23.04.0 de nextflow ?
Merci

dbenaben · Juin 23, 2023, 3:14

Bonjour @nbouche

Pour toute nouvelle demande merci d'ouvrir un nouveau sujet.

Demande d'installation en cours: