Bonjour @team.r @team.software,
En tentant de charger des fichiers de .h5 (GEX + ATAC data) dans R, j'obtiens cette erreur :
my_data <- Seurat::Read10X_h5("filtered_feature_bc_matrix.h5")
Error in Seurat::Read10X_h5("filtered_feature_bc_matrix.h5"): Please install hdf5r to read HDF5 files
Ainsi, serait-il possible d'installer le module hdf5r pour lire les fichiers .h5 dans R?
Merci beaucoup!
Carole
Bonjour,
on est bloqués sur l'installation de ce paquet, est-ce que quelqu'un pourrait nous aider ?
Un grand merci d'avance!!!!
Magali
Update: quand on tente l'installation dans le home, on a une erreur de compilation en C:
> install.packages("hdf5r")
Installing package into ‘/shared/ifbstor1/home/mhennion/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/hdf5r_1.3.8.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1919138 bytes (1.8 MB)
==================================================
downloaded 1.8 MB
* installing *source* package ‘hdf5r’ ...
** package ‘hdf5r’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
checking for a sed that does not truncate output... /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.1.1/bin/sed
checking for gawk... gawk
checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep
checking for gcc... x86_64-conda-linux-gnu-cc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/tmp/RtmpyhBpCj/R.INSTALL4b05bfe30b0/hdf5r':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘hdf5r’
* removing ‘/shared/ifbstor1/home/mhennion/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library/4.0/hdf5r’
The downloaded source packages are in
‘/tmp/Rtmp3FDZju/downloaded_packages’
Merci de votre aide!
Bonjour @mag
Désolé pour ce retour tardif.
Je viens de faire un test avec succès. Cela a bien fonctionné:
$ module load r/4.2.3
$ R
> install.packages("hdf5r")
P'têtre un problème de module/variable d'env.
Avez-vous trouvé une solution depuis ?
Bonjour,
merci pour votre retour! On s'en est effectivement sorti en installant le paquet depuis un terminal car ça ne marchait pas depuis RStudio ou la console de Jupyter, je ne sais pas trop pourquoi.
Magali
OK. Merci pour l'info.