Bonjour,
Je ne parviens pas à importer les modules anndata et scanpy, et je ne les ai pas trouvé dans module avail. Serait-il possible de les installer ?
Les deux modules sont disponibles sur bioconda:
https://anaconda.org/bioconda/anndata
https://anaconda.org/bioconda/scanpy
Merci d'avance
Bonjour,
Les versions sur le channel bioconda semblent assez ancienne (anndata 0.6.22, 2 years and 7 months ago et scanpy 1.7.2, 10 months and 25 days ago ).
J'ai donc privilégié le channel conda-forge pour des versions plus à jours.
L'installation est en cours:
Merci pour votre aide !
Gaël
Bonjour,
Serait-il également possible d'installer scvelo s'il vous plaît ?
Merci par avance
Bonjour Gaël,
Nous allons probablement revoir l'installation des ces outils (en tant que module des environnements python plutôt qu'en logiciel indépendant).
Nous revenons vers vous dès que possible.
A noter que vous pouvez toujours installer ces logiciels directement dans votre home si besoin via pip et l'option --user.
Ce qui donnerais quelque chose comme:
module load python/3.9
pip install --user anndata
pip install --user scanpy
pip install --user scvelo
Merci pour votre retour, j'essaierai ça alors.