Bonjour,
J'organise une formation autour de l'analyse de données OMICS dans les maladies rares. C'est sous RStudio du 23 au 27 juin (projet tp_bip_phase_2_181496).
J'ai oublié de demander l'installation de la librairie R Monocle3. J'ai essayé sous R 4.4.1 mais ça a échoué. Il y a visiblement une dépendance à gdal qui est discuté dans la section installation:
Ca m'arrangerait vraiment si vous pouviez l'installer car il faut qu'on teste nos matériels pédagogique.
Merci beaucoup
Bonjour,
De mémoire j'avais aussi eu un peu de mal mais personnellement j'ai pu l'installer via github avec :
devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')
Bonjour,
Merci pour le support. Il semblerait qu'il n'y ait plus de problème de dépendance avec gdal (???). J'ai aussi pu l'installé. Eventuellement si vous avez le temps de l'installer avec ses dépendances pour ne pas passer par l'étape d'install avec les participants à la formation (et limiter les angoisses de l'enseignant :)), ce serait super.
Merci
Bonjour @puthier,
Le package Monocle3 a été installé sous la version 4.4.1 de R par @julien :
jdoe@clust-slurm-client:~$ module load r/4.4.1
jdoe@clust-slurm-client:~$ which R
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.4.1/bin/R
jdoe@clust-slurm-client:~$ R
R version 4.4.1 (2024-06-14) -- "Race for Your Life"
Copyright (C) 2024 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda-linux-gnu
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
> library(monocle3)
Bonne journée,
Je vous remercie !!
Bonne journée
Denis