Bonjour,
pourriez-vous installer les packages ORC v1.2.0 et BEASTLabs v2.0.2 pour BEAST.app v2.7.6 ?
Merci beaucoup,
Julie
Bonjour,
J'ai essayé de faire tourner beast2.7.6 avec l'option 'Optimised Relaxed Clock'. L'exécution de mon script a avorté avec ce message dans les logs d'erreurs : "The following packages are required, but not available: ORC v1.2.0, BEASTLabs v2.0.2". Sur le site de beast2 (BEAST 2), il est indiqué qu'on peut installer les packages de beast sur cluster dans le "user's BEAST directories" (je n'ai pas trouvé ce dossier) ou dans le "system directory" (permet d'être accessible par tous les utilisateurs, je suppose qu'il s'agit de ce dossier: /shared/ifbstor1/software/singularity/wrappers/beast2/2.7.6/).
Y a-t-il un moyen d'installer des packages de beast ou beauti sur le cluster de l'IFB (en particulier le package ORC v1.2.0 et BEASTLabs v2.0.2)?
Bonne journée,
Pierre-Michel
Bonjour @j-marin et @Pierre-Michel,
Pour installer des packages de Beast2, il faut que vous utilisez la commande packagemanager mise à disposition par l'outil en spécifiant le nom du répertoire dans lequel vous souhaitez les installer :
# 1 : Se déplacer dans son Home
cd /shared/home/jdoe/
# 2 : Créer le répertoire si il n'existe pas
mkdir -p lib/beast2/2.7.6/
# 3 : Charger Beast2 version 2.7.6
module load beast2/2.7.6
# 4 : Installer via la commande 'packagemanager'
packagemanager -dir /shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6 -add BEASTlabs
packagemanager -dir /shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6 -add ORC
La liste de l'ensemble des packages de Beast2 est disponible via ce lien : Beast2 Package Manager
Une fois les packages installés, il faudra que vous indiquiez en ligne de commande ou dans votre script le chemin de ce répertoire avec la commande java via l'option -Dbeast.user.package.dir et avant d'exécuter Beast2 :
java -Dbeast.user.package.dir=/shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6
beast.app.beastapp.BeastLauncher beast.xml
Pour plus d'informations, vous pouvez vous référer à la documentation de Beast2 sur l'installation des packages.
Bonne journée,
Bonjour,
Merci beaucoup pour votre retour. L'installation semble avoir fonctionné mais la dernière commande java avec l'option -Dbeast.user.package.dir retourne systématiquement le message d'erreur suivant :
"Error: Could not find or load main class beast.app.beastapp.BeastLauncher
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: beast.app.beastapp.BeastLauncher"
Pourtant, le chemin où les packages ont été installés existe. Je n'arrive pas à résoudre ce bug.
Bonne journée,
Pierre-Michel
Bonjour @Pierre-Michel,
En reproduisant l'erreur de mon côté, je me suis rendue compte que la méthode pour indiquer le répertoire où sont installés les packages de Beast2 diffère de celle proposée par la documentation officielle de cet outil.
Sur le cluster de l'IFB Core, voici la méthode que vous devez utiliser :
# 1 : Charger Beast2 version 2.7.6
module load beast2/2.7.6
# 2 : Ajouter le chemin du répertoire où sont installés les packages de Beast2 via la variable d'environnement 'JAVA_TOOL_OPTIONS'
export JAVA_TOOL_OPTIONS="-Dbeast.user.package.dir=/shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6"
# 3 : Exécuter Beast2 via la commande 'beast'
beast [options]
Si vous souhaitez voir si l'export de la variable JAVA_TOOL_OPTIONS a bien été prise en compte, utilisez la commande beast -version. Voici un exemple de sortie :
Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS: -Dbeast.user.package.dir=/shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6
BEAST v2.7.6
---
BEAST.base v2.7.7
BEASTLabs v2.0.2
BEAST.app v2.7.7
ORC v1.2.0
---
Java version 17.0.3
Bonne journée,