Installation packages DISCASM , GMAP et StringTie

Bonjour

Serait-il possible d'installer s'il vous plait :

Je ne les ai pas trouvé sur le Cluster.

Je n'ai pas de contraintes de version.

J'espère vous avoir fourni les informations qu'il vous faut.

Merci

Emilie

Bonjour à tous
Finalement, après différentes discussions et recherches, je ne vais pas avoir besoin de DISCASM, GMAP et GMAP-fusion (je souhaite faire une annotation de novo complémentaire de l'annotation faite avec le génome et on m'a conseillé PASA qui est plus complète).

En revanche, serait-il possible que vous m'installiez PASA pipeline : https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/releases

Et toujours StringTie aussi.
Ce serait super

Merci beaucoup !

Bonne soirée

Emilie

Pas de soucis, je vois ça rapidement

Cool !

Merci beaucoup :slight_smile:

Emilie

C'est en cours d'installation : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/189

J'en ai profité pour faire installer toute la liste si vous changer d'avis :stuck_out_tongue:

Ah merci !

C'est trop gentil ! Vous êtes super !

Bonne journée
Emilie

Hop :

module load discasm/0.1.3
module load gmap-fusion/0.4.0
module load gmap/2020.06.01
module load pasa/2.4.1
module load stringtie/2.1.2

Merci beaucoup :smiley:

Bonne journée