Bonjour la team
pourriez vous installer la librairie perl-core SVP?
yum install perl-core
Merci
GUillaume
@Guillaume, nous essayons de ne pas installé sur le système de package non indispensable pour les systèmes vitaux du serveur. Nous fonctionnons via des environnement Conda.
@team.software, est-ce qu'on créé un env conda au même titre que python/3.7 avec des packages "basiques" ?
Mon problème c'est que je n'arrive pas à trouver une recette pour installer cette librairie très basique en local, et que ça me bloque dans l'installation d'autres librairies plus spécifiques
Je suis d'accord avec cette proposition @gildaslecorguille .
perl est disponible dans le canal conda-forge. Je propose que l'on demarre un environne de base et que @Guillaume nous indique ensuite les éventuels packages manquants.
okay pour la solution envisagée
En plus de perl-core, je pense que dans le cadre d'une infrastructure dédiée à la bioinfo, les librairies bioperl pourraient faire partie de l'installation de base:
bioperl-live
Bio-EUtilities
pour commencer
J'initie ça !
@julien : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/156
@Guillaume : ce qui sera compris dans le package : https://bioconda.github.io/recipes/perl-bioperl/README.html
oui ça me parait plutôt complet cette mouture de bioperl
Voici :
module load perl/5.26.2
A inclure en entête de tous les scripts de traitement
grazie mille
On pourra rajouter des packages supplémentaire si besoin