Bonjour @team.software
Serait-il possible d'installer RUCS ?
https://bitbucket.org/genomicepidemiology/rucs/src/master/
Merci beaucoup
Serena
Installation en cours 
Hop
module load rucs/1.0.2
merci beaucoup !
Bonjour
Je reçois un message d'erreur à propos d'un fichier de paramètres manquant.
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rucs-1.0.2/bin/rucs", line 4150, in
load_global_settings()
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rucs-1.0.2/bin/rucs", line 2235, in load_global_settings
raise UserWarning('Settings file not found! (%s)'%(settings_file))
UserWarning: Settings file not found! (None)
Tout conseil est le bienvenu ! Merci.
Bonjour,
Je pense que vous pouvez faire demander aux personnes qui développent d'améliorer ce point (via Bitbucket)
Sinon, vous pouvez:
# Télécharger le fichier de configuration
wget https://bitbucket.org/genomicepidemiology/rucs/raw/8fab6d0859d5a44e98aa5a036980c9b15bab9157/settings.default.cjson
# Définir la variable SETTINGS_FILE avec le chemin vers ce fichier de configuration
export SETTINGS_FILE=settings.default.cjson
# Et ca devrait marcher
rucs -v
Bonne journée
Merci beaucoup.
Il y a maintenant une erreur liée à numpy :
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/rucs-1.0.2/lib/python3.11/site-packages/numpy/init.py", line 324, in getattr
raise AttributeError(former_attrs[attr])
AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'int'.
np.int was a deprecated alias for the builtin int. To avoid this error in existing code, use int by itself. Doing this will not modify any behavior and is safe. When replacing np.int, you may wish to use e.g. np.int64 or np.int32 to specify the precision. If you wish to review your current use, check the release note link for additional information.
The aliases was originally deprecated in NumPy 1.20; for more details and guidance see the original release note at:
NumPy 1.20.0 Release Notes — NumPy v2.0.dev0 Manual. Did you mean: 'inf'?
Bonne journée