Bonjour,
Je souhaite utiliser les pipelines
- Griffin (nucleosome profiling from cell-free lpWGS data) GitHub - GavinHaLab/Griffin: A flexible framework for nucleosome profiling of cell-free DNA
- ichorCNA (estimation of tumor fraction from cf lpWGS) GitHub - GavinHaLab/ichorCNA: Estimating tumor fraction in cell-free DNA from ultra-low-pass whole genome sequencing.
- ChiLin ChIP-seq, pipeline d'analyse ChIP-seq du CFCE Boston.
Sur mon précédent cluster j'avais tout installé sur un environnement Conda privé, ce que visiblement vous souhaitez éviter, quel est donc la meilleure solution ? Avez vous moyen de les installer comme module ? Surtout pour ChiLin et Griffin qui demandent un environnement particulier, car ichorCNA n'est qu'un script R au final.
Merci d'avance
Simon