Installation R packages exprAnalysis, PCAtools, EnhancedVolcano pour kernel R4.0.3 JupyterHub @team.r

IFB Core Cluster Tool or data bank request
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Bonjour,

Je reprends une analyse de données de RNAseq faite antérieurement par une collègue sous RStudio. L'idée est de transposer celle-ci en Jupyter Notebooks.
J'utilise le kernel R4.0.3 (le plus récent disponible sur IFB JupyterHub) mais il me manque certains packages :

  • exprAnalysis
  • PCAtools
  • EnhancedVolcano

J'ai essayé de les installer dans un sous-dossier du projet (gonseq/Building/Results/Routputs/additionallibs) mais ils ne semblent pas être compatibles avec la version de R. Pourtant, le package "qqman" (pour test) s'installe correctement (cf pièce jointe

Bnoblet_R403_notebook_failed-installations
Bnoblet_R403_notebook_failed-installations1347×659 29.7 KB
).

Merci pour votre aide et éclairage,

Pour information, je suis en congé demain jusqu'au 8/8 puis du 20/8 au 30/8.
Pas d'urgence :wink:

Cordialement,

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Bonjour Bénédicte,

Je suis pas certain de la bonne façon de faire (d'autres pourront sûrement me corriger ou compléter) mais une possibilité est d'utiliser Bioconductor ou install_github.

# https://github.com/ShirinG/exprAnalysis#installation
devtools::install_github("ShirinG/exprAnalysis", build_vignettes=TRUE, ref = "stable.version0.1.0")

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/PCAtools.html
BiocManager::install("PCAtools")

# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/EnhancedVolcano.html
BiocManager::install("EnhancedVolcano")

# https://github.com/stephenturner/qqman#installation
devtools::install_github("stephenturner/qqman")

Par contre cela risque de générer des problèmes de dépendance qu'il va falloir résoudre petit à petit.
Pour les installer dans un sous-dossier du projet, je pense qu'il faut jouer avec les path (R_LIBS_USER peut-être) ou utiliser with_libpaths.

Bonnes vacances :wink: