Bonjour,
Serait-il possible d'installer R (v. 3.5) s'il vous plait?
Merci d'avance et bonne journée !
Bonjour Elodie,
Vous souhaitez accéder à R via RStudio ou via la ligne de commande ?
Je voudrais m'en servir en ligne de commande.
Merci beaucoup
Avez-vous besoin d'un ou des packages spécifiques ?
Nous pouvons en effet créé un env conda dédié.
ping @team.r
Je suis partie sur une liste que je considérais comme "un bon départ"
https://gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/taskforce/conda-env/merge_requests/122
Bonjour,
Merci beaucoup, effectivement ce sont des packages que j'utilise fréquemment. Est ce que je peux mettre à jour cette liste moi-même ou préférez vous que je vous envoie une liste?
Bonne après-midi et bon week end.
Ca se discute 
Suivant leur côté générique et populaire, on peut les intégrer dans cette environnement.
Sinon, on repartira sur un environnement dédié.
Au faite, désolé pour le délais
module load r/3.5.1
Si il manque des library, on peut en discuter.
Merci beaucoup !
J'ai fait un tour des packages déjà installés et il m'en manquerait quelques uns.
pheatmap (CRAN) : production de heatmaps annotées
clusterProfiler (Bioconductor) : analyse d'enrichissement functionnel pour liste de gènes
org.Hs.eg.db (Bioconductor) : données d'annotation du génome humain
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene et TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (Bioconductor) : données d'annotations du transcriptome humain version Hg19 et Hg38.
GGally (CRAN) : extension de ggplot2 pour la visualisation de corrélation, de courbes de survie
survminer (CRAN) : analyse et visualisation de courbes de survie
igraph (CRAN) : analyse et production de graphes
Voilà pour le moment Merci encore et dites moi si il est préférable de créer un environnement dédié.
Bonne journée,
Elodie