Installation R v3.5

Bonjour,

Serait-il possible d'installer R (v. 3.5) s'il vous plait?

Merci d'avance et bonne journée !

Bonjour Elodie,
Vous souhaitez accéder à R via RStudio ou via la ligne de commande ?

Je voudrais m'en servir en ligne de commande.

Merci beaucoup

Avez-vous besoin d'un ou des packages spécifiques ?
Nous pouvons en effet créé un env conda dédié.

ping @team.r

Je suis partie sur une liste que je considérais comme "un bon départ"

Bonjour,

Merci beaucoup, effectivement ce sont des packages que j'utilise fréquemment. Est ce que je peux mettre à jour cette liste moi-même ou préférez vous que je vous envoie une liste?

Bonne après-midi et bon week end.

Ca se discute :slight_smile:
Suivant leur côté générique et populaire, on peut les intégrer dans cette environnement.
Sinon, on repartira sur un environnement dédié.

Au faite, désolé pour le délais

module load r/3.5.1

Si il manque des library, on peut en discuter.

Merci beaucoup !

J'ai fait un tour des packages déjà installés et il m'en manquerait quelques uns.

pheatmap (CRAN) : production de heatmaps annotées
clusterProfiler (Bioconductor) : analyse d'enrichissement functionnel pour liste de gènes
org.Hs.eg.db (Bioconductor) : données d'annotation du génome humain
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene et TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (Bioconductor) : données d'annotations du transcriptome humain version Hg19 et Hg38.
GGally (CRAN) : extension de ggplot2 pour la visualisation de corrélation, de courbes de survie
survminer (CRAN) : analyse et visualisation de courbes de survie
igraph (CRAN) : analyse et production de graphes

Voilà pour le moment :slight_smile: Merci encore et dites moi si il est préférable de créer un environnement dédié.
Bonne journée,

Elodie