Bonjour,
Pourriez-vous s'il vous plait installer les versions 3.8.7 et 3.11.1 (la dernière) de Singularity et faire en sorte que les numéros de version apparaissent quand on fait module list ?
D'avance merci pour votre aide.
Pierre
Good morning!
I tried to run RASFlow yesterday but it cannot load Singularity to do it.
Do you have any information if they are currently updating it?
And if so, when will it be available again?
Thanks in advance,
Aris
Hi Aris,
We are now facing an issue with singularity.
We come back to you when it's resolved.
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Singularity est revenu (my bad).
C'est d'ailleurs lors de sa mise à jour qu'il y a eu une erreur entre la phase de désinstallation et d'installation.
Donc pour info, nous avons basculé de Singularity à Apptainer.
[glecorguille@core-login2 ~]$ apptainer --version
apptainer version 1.1.7-1
[glecorguille@core-login2 ~]$ singularity --version
apptainer version 1.1.7-1
[glecorguille@core-login2 ~]$ ll /usr/bin/singularity
lrwxrwxrwx 1 root root 9 Apr 24 17:20 /usr/bin/singularity -> apptainer
Il y a pas mal d'articles qui explique la différence et la genèse d'Apptainer.
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It still doesn't work for me. It was working well 1-2 weeks ago.
I get this error running RASFlow:
Building DAG of jobs...
WorkflowError:
Minimum singularity version is 2.4.1.
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/snakemake-6.5.0/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/singularity.py", line 52, in init
Any ideas? It's asking for 2.4.1+ version I guess
Thanks
Damn!
The update of snakemake should do the job:
In case, I forget, snakemake 7.25.0 should be available when this installation is green
Merci @gildaslecorguille
Serait-il possible de faire apparaitre la version de apptainer/singularity quand on fait module avail ou module list ? Ça permet de vérifier rapidement qu'on a la bonne version.
It works 
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Nous ne traçons pas les versions de singularity/apptainer actuellement.
Tous les modules qui nécessitent apptainer utilise le même installé sur le système.
Merci @gildaslecorguille
Je comprends. Serait-il possible de tracer les versions de singularity/apptainer à l'avenir? Cela me semble important pour la reproductibilité. Même chose pour conda d'ailleurs.