Installation STAR 2.7.0a

IFB Core Cluster
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Bonjour,

Pourriez-vous s'il vous plaît installer le logiciel star 2.7.0a sur le cluster ?
D'autres modules sont disponibles :

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mais j'aurais besoin de la version 2.7.0a pour des tests.

Merci pour votre aide,

Aurélie

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Bonjour Aurélie

Cette version n'est pas disponible sur conda ni bioconda par contre il y a la version 2.7.0b qui a quelques jours de plus :

STAR 2.7.0b 2019/02/05

  • #550: Added correct header for the STARsolo matrix.mtx file, needed for python scipy mmread compatibility.
  • #556: Fixed a problem with STARsolo genes.tsv file, which may also cause troubles with GTF files processing.
  • Important: 2.7.0x releases require re-generation of the genome index.

STAR 2.7.0a 2019/01/23

  • This release introduces STARsolo for: mapping, demultiplexing and gene quantification for single cell RNA-seq.
  • Multiple solo* options control STARsolo algorithm. See the RELEASEnotes and the manual for more information.
  • This release is compiled with gcc-5.3.0, and requires at least gcc-4.9.4

Cela pourrait il vous convenir ?

Cordialement Stéphane

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Bonjour,

C'est bon pour moi.
Merci !

Cordialement,

Aurélie

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Aurélie

La version 2.7.0b de star est maintenant déployée sur les clusters

Bonne journée,

Cordialement,

Stéphane

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Merci beaucoup !