Installation sv-callers

Bonjour,

Il y a quelques choses qui n'est pas très clair pour moi : le cluster de l'igbmc fait il parti des clusters de l'IFB ?
Si oui est ce qu'un outil peut être installé sur les différents clusters de l'ifb ou vous ne pouvez les installer que sur l'ifb core cluster ?
Pour finir, si l'installation est possible j'aimerais utiliser sv-callers ( https://github.com/GooglingTheCancerGenome/sv-callers ) donc je voulais savoir si les outils nécessaires pouvaient être installés.

Merci par avance :wink:

@team.software

Ping @slegras @julien

Bonjour Quentin,

Les outils installés sur le core cluster de l'IFB sont également installés automatiquement sur le cluster de l'IGBMC depuis un dépôt Git central : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools

A première vue sv-callers n'est pas disponible sous la forme d'un package conda. Il me semble qu'il sera nécessaire de passer par la création d'une image Singularity pour son déploiement. Nous allons nous en occuper au plus vite. Je vous tiendrai informer ici de l'avancer du processus.

Bien à vous,

Julien

Merci :slight_smile: en revanche sv-callers n'est pas vraiment un outil à part entière. C'est un workflow snakemake qui utilise des outils dont certains ne sont pas disponibles sur le cluster.

En revanche je me rend compte que le workflow a été fait pour être utilisé dans un environnement conda, donc je ne me demande si ça ne serait plus simple de faire un conda (sachant qu'en plus dans les fichiers de règles snakemake .smk il est fait référence au conda pour trouver les outils à utiliser.... )

Quentin.

Bonjour Quentin,

Nous pensons également qu'il n'est pas nécessaire de packager et/ou déployer ce workflow sur le cluster.
Nous vous recommandons de suivre la procédure d'installation décrite sur github pour récupérer les sources et installer les dépendances.
Bien-entendu, il n'est pas nécessaire de faire l'étape d'installation de conda puisque que conda est déjà disponible sur le cluster : module load conda

N'hésitez pas à revenir vers nous si vous rencontrez un problème lors de l'installation.

Cordialement,

Julien

Précision : je travaille sur l'HPC de l'igbmc. Mais je pense que vous pouvez quand même me répondre.

J'aimerais utiliser un outil qui n'est pas disponible (sv-callers : https://github.com/GooglingTheCancerGenome/sv-callers )

J'ai téléchargé le repo avec git clone... puis j'ai utilisé le script bash installer.sh pour créer l'environnement conda. :
#!/usr/bin/env bash

set -xe

MY_ENV=wf

eval "$(conda shell.bash hook)"
printenv
conda env create -n $MY_ENV -f environment.yaml
conda activate $MY_ENV
conda list
cd ./snakemake
echo " - bc=1.06" >> environment.yaml
snakemake --use-conda --create-envs-only --cores 1

Mais c'est à partir de la que je bloque un peu sachant que sur hpc.igbmc il manque au moins une dépendance (survivor, dispo sur bioconda). Est ce qu'il faut installer toutes les dépendances dans l'environnement conda nouvellement créé, ou bien je peux installer juste celles qui ne sont pas déjà disponibles classiquement (via le module load) ?

J'ai fusionné ces 2 sujets :slight_smile:

Merci :slight_smile:
Au final j'avais des problèmes du fait que tout se mettait dans le home (et j'avais donc fini par tout supprimer), mais maintenant que j'ai trouvé comment faire le conda en mettant les pkgs ailleurs ça ne devrait plus trop poser de soucis :wink:

Je reviendrai vers vous si jamais ça coince toujours.

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