Bonjour,
Je travaille actuellement sur le binning de métagénomes viraux et j’aimerais utiliser l’outil VAMB (version 4.1.3) dans le cadre de mon projet.
La version 3.0.2 avait déjà été installée mais contiens un bug qui a été corrigé dans les version posterieures.
Pour faciliter l'utilisation de cet outil par moi-même et par d'autres utilisateurs, serait-il possible de l’ajouter à l’environnement de modules du cluster slurm IFB ?
Voici le GitHub : GitHub - RasmussenLab/vamb: Variational autoencoder for metagenomic binning
Python 3.8 est compatible avec vamb 4.1.3.
Autres dépendances : numpy, scipy, cython, pandas, h5py, scikit-learn, biopython, pysam, samtools, bowtie2 et joblib
Commande pour l'installer : pip install vamb==4.1.3 (utiliser pip est recommandé)
Merci beaucoup et bonne journée