Bonjour,
Le projet Docker CoLoMoTo [1,2] (Consoritum for Logical Models and Tools) vise à apporter une intégration de différents outils développés dans la communauté de modélisation logique des réseaux biologiques (réseaux booléens/discrets pour modéliser/inférer/simuler les réseaux de régulations/signalisation).
Nous avons pris l'approche d'intégrer les outils au sein d'une même image Docker, en produisant des API python comme point d'entrée et ainsi permettre de facilement combiner les différents outils au sein d'un même notebook jupyter [3]. Nous reposons sur conda pour faire le packaging et l'image Docker lance un jupyter notebook.
Ce projet est bien apprécié dans notre communauté, et on se demandait s'il serait possible de bénéficier de l'infrastructure de l'IFB pour faciliter encore plus sa mise à disposition.
Les besoins sont surtout pour en permettre l'accès sans avoir à installer Docker. Actuellement, nous utilisons le service mybinder. Cela a l'avantage de pouvoir faire des démos rapides, sans avoir besoin de compte, mais ce n'est pas très stable (selon le cluster affecté, le téléchargement de l'image Docker ou le lancement de Jupyter met beaucoup de temps et/ou crash).
Est-ce que cela aurait un sens d'avoir une intégration de ce projet à l'IFB ? Quelle serait la forme la plus appropriée ? Appliance, JupyterHub ?
Si oui, est-ce qu'il y aurait (à terme) possibilité d'autoriser une utilisation sans compte IFB avec ressources limitées ? (à la mybinder)
Merci pour votre aide 
[1] Redirecting...
[2] GitHub - colomoto/colomoto-docker: The CoLoMoTo Interactive Notebook: Accessible and Reproducible Computational Analyses for Qualitative Biological Networks
[3] Jupyter Notebook Viewer
Bien cordialement,
Loïc