Bonjour,
J aurais besoin d un petit coup de main concernant le chargement d un environnement conda prive dans Rstudio.
J ai exporte un conda yml dans mon dossier projet partage (/shared/projects/schscagingsex/config/config.yml) afin de créer un environnement conda sur le cluster pour pouvoir utiliser des versions de packages R specifiques. La sortie de conda env list suggere que ca a fonctionne :
Rscrnaseq * /shared/projects/schscagingsex/conda/envs/Rscrnaseq
J active ensuite mon environnement :
conda activate Rscrnaseq
mais
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je n arrive pas a lancer R dans le terminal ; est ce que ca vient du fait que dans cet environnement conda que j ai cree, j utilise la version R 4.3.2 ? Si oui, faut il que je passe en 4.3.1 ?
Toujours en ayant l environnement charge, lorsque je load R:
module load r/4.3.1
je n ai toujours pas acces au terminal R, mais quand je desactive l environnement conda, pas de souci. -
une fois que j ai load mon environnement conda, j ouvre l interface Rstudio mais les versions de R et des packages ne correspondent pas a l environnement conda, suggerant que je n arrive pas a faire passer mon environnement conda a Rstudio. Est ce que c est possible de faire ca et si oui comment?
-
est ce que le(s) souci(s) vien(nen)t de la creation de l environnement?
Ci dessous mon .condarc:
cat ~/.condarc
channels:
- conda-forge
- defaults
channel_priority: flexible
envs_dirs:
- /shared/projects/schscagingsex/conda/envs
pkgs_dirs:
- /shared/projects/schscagingsex/conda/pkgs
env_prompt: ({name})
et la sortie de conda info :
active environment : Rscrnaseq
active env location : /shared/projects/schscagingsex/conda/envs/Rscrnaseq
shell level : 1
user config file : /shared/home/cburny/.condarc
populated config files : /shared/ifbstor1/software/miniconda/.condarc
/shared/home/cburny/.condarc
conda version : 22.9.0
conda-build version : not installed
python version : 3.9.2.final.0
virtual packages : __linux=3.10.0=0
__glibc=2.17=0
__unix=0=0
__archspec=1=x86_64
base environment : /shared/ifbstor1/software/miniconda (read only)
conda av data dir : /shared/ifbstor1/software/miniconda/etc/conda
conda av metadata url : None
channel URLs : https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64
https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
https://conda.anaconda.org/bioconda/linux-64
https://conda.anaconda.org/bioconda/noarch
package cache : /shared/projects/schscagingsex/conda/pkgs
envs directories : /shared/projects/schscagingsex/conda/envs
/shared/home/cburny/.conda/envs
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs
platform : linux-64
user-agent : conda/22.9.0 requests/2.28.1 CPython/3.9.2 Linux/3.10.0-862.el7.x86_64 centos/7.5.1804 glibc/2.17
UID:GID : 165419:165419
netrc file : None
offline mode : False
Merci beaucoup pour tous commentaires/feedbacks/suggestions!
Claire Burny