Bonjour,
Je rencontre un problème récurrent lors de l’exécution d’un pipeline Snakemake : tous les jours à 04:00, un message d’erreur apparaît dans les logs, et à partir de ce moment-là mes jobs ne sont plus soumis.
Le log observé est systématiquement le suivant :
The SLURM database might not be available ...
Error message: 'sacct: error: slurm_persist_conn_open_without_init: failed to open persistent connection to host:clust-slurm-controller-01:6819: Connection refused
sacct: error: Sending PersistInit msg: Connection refused
sacct: error: Problem talking to the database: Connection refused'
This error message indicates that the SLURM database is currently not available. This is not an error of the Snakemake plugin, but some kind of server issue. Please consult with your HPC provider
Auriez-vous une solution pour que la soumission des jobs via snakemake ne soit plus bloquée après 04:00 ?
Merci par avance.